看完明朝，我们再来看看清朝。总的说来，清朝对西藏地区的管理是以宽容藏人治藏为其特征。一个国家或地区社会经济的发展固然需要依靠人力、物力、财力等资源因素的开发和利用，但同时在很大程度上也必须取决于政策的优劣与否。从广义上来说，政策也是边疆开发过程中可供开发、挖掘的一种资源因素。这是因为，在其他物质资源增加或投入不变的情况下，如果国家等政治行为主体在一个边疆地区所实行的政策比较合理，那么就会大大优化这一地区物质资源之间的组合运用，使这一地区的开发建设沿着健康的道路迅速发展，从而取得更良好的开发效果，反之则会延缓边疆地区的开发建设。清前期治藏政策最大的成就在于其在政治上的政策积极而稳妥。
在中国传统文化中，社会目标价值观念体系包含多种尺度，但最重要的则是“天下太平，长治久安”。稳定和谐的社会成为中国封建政治家们所追求的目标，封建君主的贤愚功过均以社会的治乱为准绳来加以评判。清王朝作为一个封建王朝，自然也把国家臻于安宁和平作为自己孜孜求治的目标。清朝前期的几代皇帝都是我国历代封建君主中的佼佼者，他们无不殚精竭虑，惶惶以求。对于清廷统治者来讲，西藏地区对国家的治乱至为攸关。这是因为：一、西藏地势隆起，海拔极高，对其四周邻近地区皆有高屋建瓴之势，军事上的战略地位极其重要。二、西藏地区是藏传佛教的发源地和中心。藏传佛教在蒙古地区影响很大，因此安定西藏与安定蒙古息息相关、密不可分。清朝统治者无论在与明王朝的较量过程中，还是在入关后对全国统治的过程中，都以解决蒙古地区的民族问题作为其边疆民族统治的重心。在对待蒙古问题上，清前期统治者不是孤立地就蒙古问题而论蒙古问题，而是全盘统筹，把西藏地区的治乱也纳入自己考虑问题的视野之内。正是由于上述这两方面的原因，清朝历代统治者都对安定西藏政局予以高度重视。
为此，清统治者为安定西藏政局，采取了三个步骤：首先，利用蒙古和硕特汗王对西藏进行间接统治。清朝定鼎北京之初，统一全国的大业尚未彻底完成，清军与南明、农民军的战争尚在如火如荼地进行。在这种情况下，清朝统治者自然无力更多顾及边疆地区的事务，对西藏地区的统治更是鞭长莫及，而只能利用已经归顺清朝的和硕特蒙古领袖顾实汗对西藏实行间接统治。顺治九年1652年，达赖喇嘛五世赴北京朝见顺治帝。次年达赖返藏时，清廷册封达赖喇嘛五世为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，从此确立了历代达赖喇嘛都必须经过中央册封的制度。与此同时，清廷又册封顾实汗为“遵行文义敏慧顾实汗”。从清廷册封顾实汗的册文中可以看出，之所以册封顾实汗，是因为清朝皇帝经纶大业的目标是使天下太平，而要达到天下太平的目标则必须利用清朝皇帝的“屏辅”，即顾实汗在其统治区域内广宣声教，使其统治区域安宁和睦。为了实现西藏地区的安宁和睦，清廷当时在西藏地方实行宗教和政治权力分开的政策，让达赖喇嘛和顾实汗分别掌管西藏的宗教和政治大权。康熙五十二年1713年派人入藏，册封五世班禅罗桑益喜为“班禅额尔德尼”，从此正式确立了“班禅额尔德尼”这个称号以及班禅在西藏的政教地位。清廷正式册封班禅这一措施既是出于当时形势所需，又是对顾实汗尊班禅以抑达赖政策的继承，其目的只有一个，即安定西藏。
其次，利用西藏地方贵族对西藏实行直接统治。康熙五十六年1717年，准噶尔部扰藏，给西藏人民带来了深重的灾难。康熙帝乾纲独断，高瞻远瞩，不失时机地在有清一代历史上第一次作出了用兵西藏的决定。在驱逐准噶尔扰藏势力后，清廷趁机废除和硕特部在西藏建立的地方政权，改由清廷直接任命的若干噶伦共同负责西藏政务。后来，因为阿尔布巴等人便发动政变，历史的客观发展形势为清廷加强在西藏地区的施政提供了良好的机遇，雍正帝为这种良好的机遇的出现而欢欣不已，并紧紧抓住这一机遇安定了西藏的政局。清廷派兵入藏后，以叛逆罪处死阿尔布巴等人，任命颇罗鼐总理西藏政务。清廷在卫藏战争之后虽然鉴于分权政策造成西藏上层贵族不和之弊，而令颇罗鼐一人总揽西藏地方大权，但也采取了一些削弱西藏地方势力的措施。雍正六年1728年，清廷下令将理塘、巴塘等地划归四川，将中甸、阿墩子、维西等地划归云南，从而明确了西藏地方的辖区范围。
最后，清廷在西藏地区的施政制度基本成熟并臻于巅峰。乾隆十五年1750年，颇罗鼐之子珠尔墨特企图割地自据，驻藏大臣傅清和拉布敦为珠尔墨特部属所杀。清廷随即派四川总督策楞、提督岳钟琪率军入藏，逮治了叛乱首要分子，并对西藏地方行政体制进行了重大改革，规定噶厦的噶伦由三名俗官和一名僧官组成，噶厦在达赖喇嘛和驻藏大臣的领导下处理西藏政务。清廷为了使西藏僧俗上层贵族在官府中互相牵制，设立了全部由僧官主管的译仓，并明文规定噶厦的一切公文、政令必须经过译仓的审核钤印方能生效。由于达赖喇嘛在平定珠尔墨特叛乱中有功，所以清廷在乾隆十六年1751年的改革中正式授予达赖七世管理西藏行政事务的权力，从而建立了政教合一的西藏噶厦地方官府。此外，清廷汲取在珠尔墨特叛乱中因西藏没有驻防清军以致驻藏大臣被害的教训，开始确立在西藏长期驻兵的定制。乾隆十六年的改革，标志着清廷在西藏施政的各项制度基本成熟，大体上奠定了清廷在西藏施政的格局。乾隆二十二年1757年，七世达赖圆寂。乾隆帝害怕噶伦等擅权滋事，遂命令第穆诺门呼图克图暂时代理达赖喇嘛的职权，开始在西藏建立摄政制度。乾隆五十六年1791年，廓尔喀大举入侵西藏，攻至日喀则，将札什伦布寺的金银、粮食等抢掠殆尽。清廷派福康安率兵驱逐了廓尔喀军队。在这场战争之后，清廷大力改革西藏的政治和宗教制度，颁行《钦定西藏章程》，“以期经久遵行，边隅永臻宁谧”，“安藏辑藩，定国家清平之基于永久”。由于安定西藏这一政策的贯彻实行，清廷在西藏的施政在乾隆末年达到了巅峰。
尤其值得一提的是清朝政府在西藏宗教领袖产生方式上采取的所谓“金瓶掣签制度”。乾隆末年,清朝政府在整饬、改革西藏行政管理体制的过程中,加强了对大喇嘛的管理,规定了大活佛转世灵童的认定办法,设立了金瓶掣签制度。这一制度是清朝中央政府整饬、改革西藏行政管理体制,确立系统治藏法规中的一项重要内容,是管理大活佛的一项关键措施。它既符合政治手续、法律手续,也符合宗教手续;既体现了中央政府的权威,又体现了西藏地方隶属于中央政府管辖的历史事实;有利于维护和稳定蒙藏地区的社会局势,安定边疆,团结宗教上层人物和广大僧俗群众。
总结清朝管理西藏的权过程，有以下几个特点值得注意：其一，清朝治藏经历了从间接管理到直接治理的过程。其具体演变大致经历了从利用蒙藏联合执政到使用西藏本民族上层官员管理西藏，由达赖喇嘛与驻藏大臣协商办理藏务到以驻藏大臣为主并会同达赖喇嘛办理藏务这样一个过程。此间大致可分为以下几个大的阶段：第一阶段（1644～1720年），从迎请五世达赖到“逐准保藏”的胜利，结束了蒙古势力对西藏的控制，废除蒙藏联合掌政制度，实现了对西藏的直接管理。第二阶段（1721～1751年），清朝探索西藏官吏制度，设置驻藏大臣，平息西藏内讧，组建噶厦地方政府，允许达赖喇嘛“亲政”，从实行政教分离到“政教合一”制度的建立，抬高了驻藏大臣的权力。第三阶段（1757～1792年），在清朝的鼎盛时期，推行摄政制度，优礼六世班禅，监督达赖喇嘛权力，驱逐廓尔喀入侵，整顿藏事，颁布章程，完善治藏政策和法规条令。其二、清朝治藏，总的来说能够从西藏地方的特殊实际情况出发，侧重于对藏传佛教领袖人物的笼络和扶持。清朝针对西藏地理环境、民族宗教和历史文化的特殊性，以及当时西藏地方政教局势的复杂形势，积极迎请达赖和班禅，隆重册封，优厚赏赐，极力抬高他们的宗教地位，以此影响蒙藏民族对清朝中央的向心力，取得了很好的效果。这正如清代学者魏源所言：“高宗神圣，百族禀命，诏达赖、班禅两汗僧当世世永生西土，维持教化。故卫藏安，而西北之边境安，黄教服，而准、蒙之番民皆服。”在清代，五世达赖以来，历代达赖喇嘛总体上都能积极配合清朝的治藏方略，为维护祖国统一和民族团结作出了一定的贡献。其三、清朝利用和扶持藏传佛教格鲁派的治藏政策，历顺治、康熙、雍正和乾隆四朝。保持了相对的稳定性和连续性。清朝几代皇帝对达赖喇嘛的册封即反映了这一倾向。顺治帝册封五世达赖并形成了一项制度；康熙朝时，西藏政局动荡，康熙帝在维持蒙藏关系平衡的过程中先后册封仓央嘉措、意希嘉措、噶桑嘉措三个“六世达赖喇嘛”，伴之对达赖喇嘛名号的封赏——废黜——册封的变化，造成了序位的混乱；雍正朝时，清朝管理西藏地方的力度加大，但仍然进一步册封达赖喇嘛，使顺治以来扶植格鲁派领袖人物的策略进一步发展；乾隆朝时，清朝进入鼎盛时期，乾隆通过册封八世达赖，圆满地解决了五世达赖圆寂以后出现的达赖喇嘛序列差的问题。这一问题的解决，既符合西藏的实情，有利于西藏地方的稳定和发展，又保持了顺治、康熙以来治藏政策的连续性，同时，这也充分说明，“达赖喇嘛”的名号、地位和权威来自于清中央政府的扶持，清政府掌握着对达赖喇嘛的册封、废黜及恢复名号的大权。册封达赖喇嘛的制度是清朝中央政府对西藏行使主权，实行有效治理的重要体现。其四、清朝在治藏过程中，针对西藏地方变化发展的形势，适时调整管理办法，变革某些制度，完善某些措施，取得了极大的成功。清朝“逐准保藏”胜利后，委用藏族官员管理藏务，排除蒙古势力继续对藏的干预，同时实行政教分开的原则。在平息“阿尔布巴事件”后，清朝推行了郡王制度，但在发生了“珠尔墨特那木扎勒事件”后，又废除了郡王制，组建了噶厦地方政府，实行了“政教合一”的管理制度。七世达赖圆寂后，又推出了摄政制度。这些措施或制度，都是清朝依据西藏实情的变化发展而作出的，是比较积极的地方。
武侯祠中有这样一幅有名的对联“能攻心则反侧自消，从古知兵非好战。不审势力宽严皆误，后来治蜀要深思。”把其中的“治蜀”改为“治藏”就可以用在今天的西藏治理上。