一、知名商品特有的包装、装潢的专用权。由于你厂的“X”牌化妆品在市场上具有一定知名度，为相关公众所知悉的商品且受到南京厂的仿冒，可以认定该化妆品为知名的商品。依据中华人民共和国反不正当竞争法第五条（二）款的规定，经营者不得擅自使用知名商品特有的名称、包装、装潢，或者使用与知名商品近似的名称、包装、装潢，造成和他人的知名商品相混淆，使购买者误认为是该知名商品的不正当手段从事市场交易，损害竞争对手。

可以通过两种途径获取保护：

1.行政途径：请求被告所在地的工商局进行行政查处。在认定侵权事实的情况下，工商局应当责令南京厂停止违法行为，没收违法所得，可以根据情节处以违法所得一倍以上三倍以下的罚款；情节严重的，可以吊销营业执照；2.司法途径：向侵权行为地或被告所在地的法院提起民事诉讼。在认定侵权事实的情况下，请求法院判决南京厂停止侵权，消除影响，赔偿损失等民事责任。

二、装潢的著作权。如果你厂“X”牌化妆品的装潢属于职务作品，或委托创作协议明确约定该设计作品的著作权由上海化妆品厂享有，则该装潢的著作权属于上海化妆品厂。依据中华人民共和国著作权法第四十六条（七）款的规定，使用他人作品，应当支付报酬而未支付的，应当根据情况，承担停止侵害、消除影响、赔礼道歉、赔偿损失等民事责任。
宁静方能致远