借助于税收优惠政策推动高科技园区的发展，是当代各国政府经济政策的重要内容。对高新技术产业实行税收优惠政策有助于其“造血”机能的增强，使高新技术产业在激烈的世界经济竞争中发展壮大起来。基于对我国高新技术产业发展和相关税收优惠政策现实情况的认识，我们认为，借鉴国际成功经验，我国高新技术产业税收优惠政策应积极实现四个方面的转变，以促进高新技术产业的尽快成长。
1 实现由直接优惠为主向间接优惠为主的转变
税收直接优惠方式包括税率式优惠与税额式优惠，主要表现为对企业最终经营结果的减免税（如企业所得税的减免），是一种事后的利益让渡，对引导企业事前进行技术进步和科研开发的作用较弱。而税收间接优惠方式（税基式优惠）则侧重于税前优惠，主要表现为对企业税基的减免。而在R&D费用扣除、固定资产折旧、投资减免、延期纳税等方面缺乏实质性的优惠。这不但造成了政府收入绝对额的减少，而且不利于从根本上鼓励高新技术产业的发展。
要实现由直接优惠为主向间接优惠为主的转变，我们赞成：第一，推行高新技术企业固定资产的加速折旧政策，以加快企业资金的周转速度，增加企业用于更新设备和进行技术进步的可支配资金。第二，实行高新技术开发基金税前扣除的优惠政策，由政府分担企业的一部分投资风险，从而激发高新技术企业进行技术创新的积极性。第三，国家应当允许企业税前列支一定比例的R&D费用，并对R&D投资给予一定的税收抵免。这样不仅可以增强企业开发、运用和转化科研成果的积极性，也可以促进企业和科研机构、高校的合作，提高科技成果转化的效率。
2 实现由区域优惠为主向产业优惠为主的转变
我国现行的高科技园区税收优惠主要体现在经济特区、某些行政省区、经济技术开发区和高科技园区内，区域优惠明显，而全国范围内的产业（或行业）优惠较少。在经济发展初期，区域性税收优惠政策可以起到先导性、示范性、集聚性和辐射性的作用，可以在短期内吸引资金流向对高新技术产业优惠的地区，建立起高新技术产业发展的区域环境。但是随着经济的不断发展，这种区域性优惠的弊端也日益显现出来。一方面，它不能充分实现税收的引导、激励作用，体现不出税收优惠力度。另一方面，税收优惠政策的时效性不强，“无限期”的税收优惠待遇不利于企业创新机制的建立，也不利于企业增加对研究开发的投入。此外，不同时期批准成立的高新技术开发区税收优惠政策有所不同，造成政策性差异。
高新技术是没有国界的，更没有区域和企业的界限。因而高新技术产业的税收优惠政策也不应该有区域和企业的分界。从我国目前的实际出发，未来的税收优惠政策设计，可以考虑区域性优惠与产业优惠相结合，更多地注重产业优惠。凡是符合条件的企事业单位，不论是否处于高科技园区，都可以享受税收优惠。通过对整个高新技术产业的普遍优惠，而非对个别企事业单位的优惠，体现我国的产业政策目标。同时，在东部地区，高科技园区和经济技术开发区内应逐步取消税收直接优惠方式，采用税收间接优惠方式，体现产业优惠的倾向，区内主要发展各项配套措施和服务，发展成熟的高科技园区；在西部地区，配合西部开发“点面结合”的发展战略，借鉴东部发展经验和教训，可以在开发初期，在经济技术开发区和高科技园区实行一定的税收直接优惠，随着开发进程的推进，逐渐减少区域优惠，清理和调整东西部税收优惠差异，走产业优惠的道路。
3 实现由所得税优惠为主向所得税和流转税优惠并重的转变
我国现行税制尽管是双主体模式，但流转税是我国税收收入的主要来源，而所得税收入所占比重较低。但在高新技术产业的税收优惠上却以所得税为主，显然与税制结构不符，也与高新技术产业促进经济增长的作用机制不相适应。我们认为，要完善这一层面的税收优惠政策，需要把重点集中在以下几个方面：
首先是改革增值税。（1）为了充分体现国家对高新技术产业的鼓励和支持，对技术含量高，经确认是高新技术的产品，其生产和销售可以考虑按照低税率（13%）纳税，适当降低其实际税负。（2）为了解决高新技术企业设备价值量大、更新速度快、占用资金多的问题，可以考虑对高新技术企业或与技术开发有关的机器设备实行“税改投”的政策，即将应征未征的增值税作为国家的资本金投入。
其次是完善企业所得税。（1）为了鼓励起步阶段高新技术企业的发展，可以考虑高新技术企业的免税年度从企业的赢利年度开始计算，适当延长企业所得税减免的期限，减税时间可以延长至10～15年。（2）改革高新技术企业的计税工资标准，比较彻底的做法是像软件行业一样对工资费用税前据实扣除；过渡期的办法是提高其计税工资标准。（3）鼓励技术开发型科研机构转制。科研机构转为企业后可给予一定年度的减免企业所得税优惠。
再次是改革营业税。高新技术企业对外转让专利技术或非专利科技成果、特许使用权等所获得的收入应比照对科研单位实行的优惠，即免征营业税，以此来促进高新技术企业的发展。如果对高新技术企业成果转让免征营业税存在一定的执行困难，建议对高新技术企业对外转让专利技术和非专利科技成果、特许使用权等所获得的收入减半征收营业税。
4 实现由企业所得税单一优惠向企业和个人所得税优惠并重的转变
我国现行的高新技术企业实行15%的企业所得税税率，个人投资高新技术企业获取的个人所得却没有所得税方面的优惠措施，并且企业所得税和个人所得税的课征形成了双重课税。由于高新技术产业的利润率一般较高，个人投资者所获得的利润也相对较高，因而其所适用的个人所得税累进税率较高，承担的税负也相对较高，这在一定程度上影响了个人投资高新技术产业的积极性。另外，我国现行的个人所得税法对高新技术人员的优惠政策规定，个人取得省级人民政府、国际组织颁发的科学、教育、技术等方面的奖金及国务院规定发给的政府特殊津贴的，可以免征个人所得税；对企业颁发的重大成就奖、科技进步奖仍征收个人所得税。这在一定程度上挫伤了高新技术人员的创新积极性。
为此，可以考虑在继续实行企业所得税优惠的同时，强化对高新技术产业科技人才的个人所得税优惠政策：如对个人的技术转让、技术专利使用费等收入减免个人所得税，目前可以在20%比例税率的基础上予以减征30%～50%，以降低其实际税负；对科研人员从事研发活动取得特殊成绩或贡献所获得的各类奖金及特殊津贴免征个人所得税；对从事科研开发人员以技术入股而获得的股权收益，包括红利和转让收入免征个人所得税。