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公司的主要发起人南京医药(集团)公司(原南京市医药公司)，
始建于1951年，是经南京市人民政府秘办(51)第674号批复及华东军政委 员会卫生部卫药字第555号批示成立，性质为公营企业，又名南京市公营医药公司，行政隶属于南京市卫生局。
1952年更名为南京市国营医药公司。
1995年，省、市医药公司分家，成立中国医药公司南京支公司。
1958年，与药材公司合并，称“南京市医药公司”。
1981年，集团公司同时使用“江苏省南京医药供应采购站”和“南京市医药公司”名称。
1988年，集团公司成为江苏省医药商业行业首家利税超千万元企业。
1993年，集团公司利税和销售收入居江苏省医药商业系统第一名，经南京市资信评级委员会评定，集团公司的资信级位为AAA级，同年被南京市 体改委批准为股份制试点企业。
集团公司已成为我国医药商业大型骨干企业，经营药品、医疗器械、化学试剂和玻璃仪器四大类商品两万多个品种，与全国400多个医药站及港、澳、日、美、欧洲客商保持着良好 的购销关系。集团公司自成立以来具有连续42年盈利业务绩，是我国华东地区重要的医药采购供应中心。
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｜指标\日期 ｜2009-09-30｜2008-12-31｜2007-12-31｜2006-12-31｜
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｜净利润(万元) ｜ 4306.93｜ 3033.49｜ 4667.99｜ 1088.72｜
｜净利润增长率(%) ｜ 7.44｜ -35.02｜ 328.76｜ -40.68｜
｜净资产收益率(%) ｜ 8.23｜ 6.27｜ 9.25｜ 2.31｜
｜资产负债比率 (%) ｜ 88.97｜ 87.89｜ 85.98｜ 82.34｜
｜净利润现金含量(%) ｜ 43.40｜ -0.99｜ 455.51｜ 570.62｜
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截至日期:2009-06-30 十大股东情况 股东总户数:50870 户均流通股:4673
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股东名称 ｜持股数(万 ｜占总股｜ 股份性质 ｜增减情况(
｜ 股)｜ 本比%｜ ｜ 万股)
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南京医药（集团）公司 ｜ 6319.60｜ 21.00｜ 国有法人股 ｜ 1053.27
上海天发投资有限公司 ｜ 1149.60｜ 3.82｜ 流通A股 ｜ 191.60
银丰证券投资基金 ｜ 587.53｜ 1.95｜ 流通A股 ｜ 新进
中国光大银行股份有限公司－光｜ 463.50｜ 1.54｜ 流通A股 ｜ 新进
大保德信量化核心证券投资 ｜ ｜ ｜ ｜
中国建设银行－华夏红利混合型｜ 428.39｜ 1.42｜ 流通A股 ｜ -374.97
开放式证券投资基金 ｜ ｜ ｜ ｜
青岛海尔新经济咨询有限公司 ｜ 330.21｜ 1.10｜ 流通A股 ｜ 新进
中国工商银行－东吴嘉禾优势精｜ 328.16｜ 1.09｜ 流通A股 ｜ 新进
选混合型开放式证券投资基金 ｜ ｜ ｜ ｜
南京机电产业(集团)有限公司 ｜ 326.69｜ 1.09｜ 流通A股 ｜ -141.82
中国银行－华夏行业精选股票型｜ 255.77｜ 0.85｜ 流通A股 ｜ 新进
证券投资基金(LOF) ｜ ｜ ｜ ｜
中国工商银行－申万巴黎新经济｜ 240.00｜ 0.80｜ 流通A股 ｜ 新进
混合型证券投资基金 ｜ ｜ ｜ ｜
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