到了皇太极当政，范文程开始进入满清的核心权力圈子，皇太极对范文程特别重视，而君臣的关系也非常的密切。据《清史稿·范文程传》记载：“每入对，必漏下数十刻始出，或未及食息，复如入。”也就是说，皇太极每次召范文程来，君臣二人都谈得十分的投机，一谈就是好几个小时，有时甚至就连吃饭睡觉都来不及，就再次如来谈话了。而清史也说，每次议论军政大事，皇太极总是先问：“范章京知道吗？”，而每当事情议而难决之时，皇太极又会问：“何不与范章京商议？”，而当臣下回答说：“范章京已经同意了。”皇太极也就不说什么了。

作为满清的开国功臣，范文程非但没有一丝一毫矜伐其功，相反却是地位越高越是卑下，处处小心谨慎，以避免因为功高震主面引来杀身之祸。同时，他也极力避免介入满清皇族内部的权力斗争。这一点是相当不容易的，稍有不慎就可能招来杀身之祸，这在历史上是代不乏人的。

公元１６４３年的９月，皇太极突然病逝，由于皇太极并没有留下任何政治遗嘱。因此留下的权力真空自然也就引发了满清贵族内部的权力斗争，对于帝位争夺之尖锐，毫不亚于中国历史上任何一次类似的斗争。范文程在这种时候，始终保持一个谋臣的中立地位，不与任何一派结盟，不仅如此，他还尽力避免让外人看起来他与某派结盟的任何可能的举措。尽管如此，由于他是皇太极的重要谋臣，仍然受到了皇太极之弟，当时大权在握的摄政王多尔衮的诸多猜忌。顺治三年（公元１６４６年），多尔衮以“今国家一应事务，各有专属”和范文程“素有疾，毋过劳”为借口，限制并削弱了范文程的权力。而在顺治五年（公元１６４８年），多尔衮命范文臣等人删改《太祖实录》，范文程知道这可不是闹着玩的小事，一旦政局有变，那是有杀头之祸的，因此，他以养病为由闭门不出。果然，当多尔衮被问罪之后，当时有议论说范文程应该治罪，但是皇上却以他不附多尔衮而赦免了他，仅仅只是免官而已，而且很快就复了他的官（“与同官当连坐，上以文程不附睿亲王（即多尔衮），命但夺官论赎，是岁即复官。”）

清顺治十一年（公元１６５４年）八月，顺治帝特加封范文程为少保兼太子太保。但是，范文程却急流勇退，在上疏称谢的同时以本弱多病请求退休。顺治帝温谕慰留，但范文程去意已决，再三乞退，皇帝只好下诏，同意他“暂令解任”，并且亲自为他调药。（《清史稿·范文程传》载：“文程疾，尝亲调药饵以赐”）。

但是范文程却从此再没有踏进政坛，退休之后是“辟档皋为别业，稍构亭馆，植卉木，引亲故，徜徉其中；时以诗书骑射课子弟，性廉慎好施与。”

清康熙五年（公元１６６６年），八月，自称“大明骨大清肉”的一代谋臣范文程去世。当时的康熙皇帝亲笔题写了“元辅高风”的牌匾悬挂于范氏祠堂，评价之高，由此可见一斑。