13世纪中期，元朝建立后，元世祖忽必列利用藏传佛教萨迦派，加强了对西藏的控制。他封萨迦派教主八思巴为国师领总治院事，让他“掌势教僧徒，及吐蕃之境，而隶治之”。

    期间，随着元朝四通八达的驿站交通修建为吐蕃与中原地区的政治、经济、文化联系创造了条件，对蒙藏、汉藏关系的发展起了促进作用。一是在加强对藏区管理的同时，中央与地方间的贡赐贸易得到了发展。二是茶马贸易、民间贸易得到了发展。三是加强了藏区与内地文化交流。

    由于1268年以后忽必烈坚决扶植推崇萨迦派为主的藏传佛教实行了政教合一的管理，所以从元朝开始以萨迦派为主的藏传佛教随后成为极盛发展期，并且很快传入内地，其寺院也在入藏驿路沿线及大的城市纷纷建立。

   元朝被明朝换代以后，藏传佛教的格鲁随后在西藏建立了政教合一的地方政权，它们也随后达到了权势极盛的阶段。宗喀巴及其创立的藏传佛教格鲁派就这样应运而生登上了历史舞台。

    宗喀巴是青海湟中人，1360年，他3岁时被授近事戎。7岁在今平安县夏宗寺随格鲁派高僧顿珠仁钦学习佛教。17岁后到卫藏跟随藏迦高僧学习。1385年，宗喀巴开始收徒讲经。1400~1409年间，宗喀巴通过讲授大乘戒律、著书立说，创立了他的宗教思想学术体系。1409年，宗喀巴在拉萨发起传召大法会，不久，又建立了甘丹寺。这两次事件标志着藏传佛教格鲁派的创立。

     由于后来藏传佛教的达赖喇叭是蒙古人命名的，所以直到今天蒙古族对藏族人民都有着深刻影响力。