由于制度变革的复杂性、曲折性，长期性，中国体制改革的实质有一个逐步显示的过程，我们对于中国经济体制改革的实质有一个逐步认识的过程。进入二十一世纪，随着实践中体制转轨的逐步深入，其实质内容逐步地体现出来，我们对于经济体制改革的认识需要深化。
我们可以将上个世纪八十年代开始至上个世纪末的时间椴，作为中国整个体制转轨过程的第一阶段，将进入本世纪初进行的中国的体制改革实践视为第二阶段，通过不懈的努力，第一阶段的初步体制转轨还是比较成功的。但是第一阶段的成功内涵的体制改革实质是什么？从第一阶段体制改革到第二阶段体制改革有什么样的变化？第二阶段的体制改革的核心内容是什么？需要我们认真总结。如果认识不到位，第一阶段的改革成功并不能决定我们下一阶段的转轨一定成功，转轨过程最后能否成功，取决于在下一步实践中，深化上一阶段已经开始的制度创新成效，取决于制度创新主体对于下一步制度创新对策的正确选择。
为了顺利进行下一阶段的体制改革，有必要对上一阶段的体制改革的特征进行系统的总结。上一阶段的体制改革特征可以这样概括：1、微观突破。上个世纪八十年代，高度集中的传统计划经济体制的弊端已经非常显著，人民群众的生产生活陷入了体制造成的制度困境，对传统计划经济体制的改革具有迫切的要求。但是面对传统体制的超稳定系统，改革的起步十分艰难，改革不可能全面同时进行，只能从某一方面进行突破，所以从微观上寻找突破口，是上个世纪改革的一个显著特点。从某一农村人民公社某一小队自发开始的土地承包经营责任制是农村改革的突破口，从某些地区的个体户被允许开办企业开始的企业制度改革是所有制结构改革的突破口。从某些地区被开辟为特区开始的对外开放是城市经济管理体制改革的突破口，这些改革都显然具有微观突破的特征。2、局部放权。中央高度集中的权利随着微观突破性改革进行有针对性下放。配合农村土地承包经营责任制的推行，土地使用权下放给农民；配合企业尤其是国有制企业的改革，所有权与经营权分离，经营权下放给企业；配合特区的建立，中央政府部分税权以及部分公共财政权有条件地向地方政府下放。3、迂回递进。从微观开始的改革，从局部开始的放权，只是改革开放的引子，在此基础上深化改革开放的具体步骤是从外到内，从量到质，从易到难。比如企业制度改革是从放开搞活非公有制企业开始，向改革国有制企业深化，是从简单的两权分离改革向股份制改革推进；价格改革是从承认计划价格的存量现实，搞增量部分的计划价格与市场价格并存的双轨制，再到存量与增量都实行市场价格，完成价格改革的目标；市场建设从消费品市场到生产资料市场，再到各种人、财、物、信息等生产要素市场，从物质资料市场到股票、债券、国债、保险等虚拟市场；城市改革从企业制度改革到社会就业、医疗、住房、养老等社会保障制度改革。从企业改革扩展到社区改革、扩展到城市和地区的总体改革，扩展到国家财政、金融、就业、外贸等宏观管理体制改革。但由于传统宏观管理体制的变革是一个长期的重复博弈过程，逐级递进只能是初步的，局部性的，探索性的。4、政府为改革决策主体。改革开放的决策方案由政府出面提出、实施、监管。即便是民众的自发性制度改革，也要等到政府的行政认可才可推行。政府在资源控制中的优势，使政府在改革推进中具有绝对的话语权。比如农村土地联产承包责任制是中国安徽农民在六十年代的创造，但是由于当时的国家领导人认为这是走资本主义道路而被禁止。到八十年代安徽农民再一次自发地实行了土地联产承包责任制，幸运的是得到了以邓小平为代表的党的第二代领导人的肯定，随后在全国推广，成为中国第一阶段改革的主要标志。又比如中国是否建立资本市场，是在邓小平同志南巡讲话作了充分肯定后才开始大胆实践的。第一阶段改革过程中，虽然最初的改革都是社会民众自发实验开始的，但社会民众的改革举措能否获得生存发展的权利，基本上取决于政府的态度。5、经济改革为主。中国的制度创新的直接起因是中国经济长期的停滞，人民生活长期的穷困。为了摆脱困境，摆脱贫穷，中国开始了制度创新，在经济发展的紧迫任务面前，经济改革是第一位的。为了实现翻两番的经济发展目标，先后实行了农村土地制度、经营制度、企业产权制度、就业制度、住房制度、养老保险制度，金融财经制度、内外贸易制度、劳动人事等制度的改革，经济改革对于经济发展的促进作用比较明显，与此相联系，政治和文化改革的实际进展较多地体现在为经济发展扫除障碍，对明显地直接阻碍了经济发展的政治制度和文化制度进行了一定程度的改革。但是，从经济发展的功利角度启动经济改革顺理成章，从经济发展的功利角度启动政治改革和文化改革则显得动力不足，因而使政治改革和文化改革的实验步伐相对较慢。即便是经济改革，也由于忽视了许多深层次改革任务的启动，在一定程度上显得表面化、形式化。从总体上看，中国传统经济、政治、文化体制向现代经济、政治、文化体制的转轨才刚刚开始，还处在起步阶段，这是中国改革开放第一阶段的基本特征：改革的起点：微观突破；改革的层面：局部放权；改革的路径：迂回递进；改革的主体：政府决策为主；改革的内容：经济体制改革为主。
国际国内环境变化加上主体条件和社会共识的逐步形成，下一阶段的制度创新的内容与方法在第一阶段制度创新成就的基础上必将升华：其特点是从微观突破向宏观联动转化、从局部放权向系统放权转化、从迂回递进向整体推进转化、从政府本位向民众本位转化。
微观突破、局部放权的方法，其不足之处是改革的环节之间缺乏相互照应。改革的举措互相脱节甚至互相矛盾。先前进行的某一改革会因为受到其他未改革部分的制约，而导致改革的边际效益递减，甚至出现负效应。这样一来，局部改革已经积累的效益也可能被整个社会改革的拖延而削弱，从而增加社会改革的成本。比如农村家庭联产承包责任制在刚开始实行的时候，由于直接冲击了长期实行的人民公社土地制度，调动了农民群众的生产积极性和创造性，使长期停滞的农村经济走出了困境。但是，农村的家庭联产承包责任制的长期边际效用，是需要其他农村制度改革的配套的，比如农村土地的产权制度、农村土地的交易制度、农村粮食及其他农作物的市场流通制度、农民的转移制度、农村的金融制度、财政制度、教育制度、社会保障制度、合作经营组织制度等等。一旦这些改革的步骤跟不上，农村家庭联产承包责任制的边际效益逐渐递减，可见改革配套的重要性。
如果说改革初期，在人们还没有改革实践经验的积累，对于改革规律还没有必要的知识和信息储备时，微观突破是不得已而为之的选择。现在的改革的主客体条件初步具备了，改革的方式可以从微观突破向宏观联动转变，将每一个局部改革置于整个改革的背景中思考，同时将每一个局部改革之间的相连关系作为依据，从宏观系统内部设计各种微观改革方案。
从改革的内容看，过于静止地强调在外围迂回递进，不直接地触及传统体制的核心问题进行改革，往往使改革的设计注重近期的和表层的效果，忽视长期与深层的推进，有可能使改革出现新瓶装旧酒的局面，最后则导致曾经获得的短期与表层效果也逐步消失，纲不举则目不张，使改革的前期努力成本与努力收益严重失衡。例如企业制度的改革，如果光从非公有制企业的建立解决企业制度问题，不进行国有制企业的制度改革，还是没有抓住中国企业制度改革的重点，对于国有制企业制度的改革，如果只是强调国家的货币资本所有权，不解决企业家和企业员工的人力资本产权，也不解决全国人民对于国有企业的监督，仍然没有抓住国有企业改革的核心问题即全国人民对于国有制企业的产权实现机制。国有企业的根本制度原则是全国人民对于国有企业的所有权问题，无论是用国家直接经营管理，还是委托企业家阶层进行经营，国家进行间接管理，我们都不能忽视这样一个根本制度原则。回顾企业制度改革的进程，这个根本制度问题的解决并不彻底，我们更多地在国有企业中的国家货币产权上下工夫，人民群众对于国有企业的人力资本产权还没有完整的改革思路。下一步，需要国有企业改革内容需从相对静止的逐级递进，外围的迂回包抄，单纯地就货币资本产权改革推进到抓住核心本质问题，就人力资本产权改革主导企业制度改革。
从目前的发展阶段看，通过第一阶段的初步改革开放，政治体制改革和文化体制改革的全面启动已经具备基本的条件，即便是经济体制改革的很多内容，也已经深入或渗透着政治体制改革和文化体制改革的诸多层面，能够直接构成政治体制改革和文化体制改革的有机组成部分。三者之间的改革内容已经有着许多的重合性。下一步中国制度创新的主题应该在经济体制改革的基础上加上政治体制改革和文化体制改革，才能使改革深入下去。即便是单纯的经济体制改革，也有政治体制改革和文化体制改革的滲透。有如三块叠加饱水的海绵，既相互独立，又互相渗透。文化、政治已经嵌入到我们的经济生活领域，嵌入性思维既为我们确立下一步制度创新内容提供方法。也提供贯穿经济、政治、文化一条线的改革内容。
下一阶段改革方式和改革内容的突破，要求对改革主体的认定有新的提升，从比较重视政府的改革主体地位、相对忽视民众的改革主体地位向更重视民众改革主体地位转化。就是在改革中，不要简单地将民众当成政府改革成果的被动接受对象，而是当成改革过程的积极参与者。长期以来，在改革的主体问题上，或明或暗地存在着比较严重的轻视民众现象。认为民众不能与政府平起平坐成为改革的主体，民众只能是政府管理的对象。比如如果谁提出给农民民主权利，那么有人就会说，农民愚昧，农民素质低下，农民不懂合作等等，实际上，民主政治从最根本的意义上与民众的专业化分工和利益保护有直接关系，与人的素质的关系只是民主发展程度的间接关系。让民众成为改革主体，并不是对民众地位的人为拔高，而是对民众在改革中作用的实事求是的肯定。迄今为止的改革实践证明，几乎所有的改革方案最初都来源于人民群众在实践中的探索。经济体制改革中农村家庭联产承包责任制是这样，企业股份制和股份合作制的改革也是这样。政治体制改革中的农村自治、社区自治莫不是如此。二十年改革开放的实践真真切切切地教育我们，不要忽视民众在改革中的主体地位，对于政府来说，保护民众参与比保护民众利益更重要，保护民众思想比保护民众参与更重要。因此我们现在需要有一个从让民众致富到让民众创业、让民众创意、让民众创制的又一次的思想解放过程。
从微观突破局部放权，经济改革为主，政府为主要改革主体的改革模式，向宏观联动、系统放权、经济政治文化综合改革、民众自主参与的改革模式转化。模式转化的聚焦点从体制转轨的表象性问题，转入实质性问题。传统体制向现代体制的转轨，表象上是资源配置方式的变化，实质上是权利结构的调整，是权利结构由国家为本向民众为本转化，是国家权利向民众权利的回归。