由于受到地域民族心理特征和不同的宗教、哲学观念的影响，科学的五大要素即哲学、逻辑、数学、实验和核心学科，在自然国学和西方科学身上的具体表现形式是有着重大的差异的。这里我们要集中说明自然国学作为科学的五要素的具体组构形式和内容。按照五大要素的生成顺序，首先，本部分将完成自然国学哲学体系主要原理的论述。

       天人合一的自然观。该原理认为宇宙和人体是两个相互全息、同构且共鸣的系统模型，从某种意义上讲，这两个系统模型大小完全相等。细言之，其一，天人同构。大脑是整个宇宙的缩影。五脏及其所属管道系统的生成是由五大行星及其活动状态所决定的。人体的十个手指和十根脚趾与太阳及其九大行星相对应。十二经络对应着天上的黄道十二宫和地上的十二个月。天体的运行轨迹经过亿万年时间在人体上留下的印迹就是经络体系。总之，宇宙中的各种天体、物质和能量都分别对应着人体的脏腑、器官、组织、血脉、经络、肌肉、毛发等等。其二，天人同大。人体的能量幅射即生物场即使到了宇宙的边缘或极遥远处，也是微弱存在的，这种幅射场与宇宙中的所有物质都存在电磁切割反应，并随时反馈回人体。因此，广义的人体和生命体包括其生物场，人体和生命都是与宇宙同样广大的存在。其三，天人共鸣相感。基于天人同构和天人同大原理，宇宙、天体的所有变化运动都会或多或少对人类造成电磁切割式的影响，某部分宇宙或某些天体的运动还会对相应的人体器官带来同频共振式的感应。而根据反馈效应，调整人的身心状态也会或多或少地对宇宙万物造成相应的影响。

       现代物理学的测不准原理证明了自然国学天人合一理论的正确性。