方可成老师的微博中称，“我们需要一个参照系，和北大清华比一比，和中科大少年班比一比，和港科大比一比，和加州理工比一比，和南科大自己的愿景比一比。”此事我想到的一个问题是，为什么不去和学生自己的需求、盼望、学力比一比？
假如把这45个人交给你，可以不去考虑中外任何教育传统，可以放手一搏去教，你会去教什么，怎么教呢？我不相信谁能给出一个标准的答案。教育的对象是人，其复杂也正在这里。我劝大家警惕那些号称掌握了教育规律、动辄发话要“厘清真误”的人。一知半解最危险。
创办这样的一个学校，未来管理这样的学校，都会关系到不同的利益人。社会各方的期待虽有重合，但也多有差异。深圳市政府想建设“世界一流的大学”增加城市的文化内涵，朱清时教授要实现自己的教育理想，民众希望实现教改的突破，学生希望获得教育与发展，教师希望追求教研的梦想。
哈佛大学教育教授卡罗尔·维思（Carol Weiss）认为，大部分教育项目，都存在三个 “I”：意识形态（ideology）、利益（interest）、信息（information）。三者并不总是协调统一。各相关人的意识形态诉求、利益出发点、和信息的掌握情况都不对称。比如有些时候，决策人为了掩饰意识形态和利益之间的矛盾，就在信息上做文章，左右人们的思维。项目负责人得在各方之间游弋，在合适的时候，用合适的结论去说服他们，得去磨，得在不断的交互中，把要传达的信息传达出去，把要争取的支持拿回来。 在南科大一事上，一个极大的反讽，是一个领导者必须用“政治”的手段结束学校的行政化。这里说的政治（politics）, 或许译作“妥协协商”更合适一些。
此次争议涉及的关系，不止是朱清时和教授们之间的关系。在用人上，我觉得朱清时教授或深圳市政府看人走眼。他们应该去找真正懂得高教系统设计的咨询专家，比如我过去的老师Romi这种满世界“种植”学校的专家，或是学教育管理（Educational leadership）、学科设计（ curriculum design)的人，帮他设立制度，而不是找三个学科带头人来，指望他们参与一个学校的创业。
从另外一方面去想，我又觉得在中国环境下解决教育改革的问题，需想人之未想，甚至一切归零，重新想象教育。而今，全世界都在讨论大学该办成什么样子，美国也动辄出现The end of university as you know it 这样的讨论，未来的大学究竟该怎样？还要不要继续工业化标准化生产的模式？南科大能不能给大家一点启示呢？很希望如此。需要朱教授和深圳市政府去思考的问题是：南科大是要变作山寨版的港科大么？还是要在中国的问题面前另有突破？福特当年说过一句话，我都要听这些客户的，那就应该设计出一匹更快的马，而不会造出汽车。