细菌代谢具有多样性，同时生长速度较快，具有很好的应用前景。具有脱色能力的细菌主要有假单孢菌、芽孢杆菌、肠道菌、产碱杆菌、转化杆菌等。目前认为，细菌对染料的脱色机理主要是通过细胞吸附降解脱色和酶降解脱色。1981 年，YatomeC 等人报道了Pseudomonas pseudomallei 13 NA 对三苯甲烷染料的生物吸附降解，指出并证明了三苯甲烷染料较偶氮染料难于降解，进而通过对不同染料的降解研究，得出了染料结构对于脱色降解有决定作用的结果；1991 年，又进一步报道了B subtilisIFO 13719 对结晶紫的生物降解作用，并指出，除结晶紫外，另外的两种三苯甲烷染料（副蔷薇苯胺和维多利亚蓝）也能被B subtilis IFO 13719 的生长期细胞脱色。随着研究的深入，细菌的脱色能力也越来越受到重视。2003 年，乐毅全等[7]从印染废水的处理装置中分离出一株名为腐败希瓦氏菌（Shewanellaputrefaciens）的高效脱色菌，该菌株在合适条件下能有效的去除印染生产中常用的多种染料，在6h内对活性艳红染料的去除率可达到99%～100%，并且着重指出厌氧条件对于其脱色的重要性。厌氧条件对于细菌的脱色作用确实具有很大的裨益，2003年，D Georgiou 等人探讨了厌氧降解技术用于抗性偶氮染料溶液和棉纺工业废水的脱色的能力，使用了厌氧醋酸纤维降解菌类，在4～5d 即完成了实验所用的各种染料（包括Levafix 活性黄E-3GA、Levafix活性红ERN、Levafix 活性蓝EBNA、Remazol活性黄RR、Remazol 活性红RR、Remazol 活性黑B)的脱色，充分展现了厌氧环境对于细菌脱色的重要性和厌氧降解脱色技术的应用前景。2005 年，M J Lopez 等人首次报道了从混合肥料中分离出的非丝状厌氧细菌在无菌培养条件下具有脱色能力，为生物降解脱色提供了更为广阔的空间。细菌的混合培养物脱色也受到人们的重视，并且有十分好的脱色效果，从而使得细菌在染料废水脱色方面占据了较高的地位。细菌的酶降解脱色主要依靠木素过氧化物酶（Lip）、漆酶（laccase）等的作用，降解脱色能力因种类的不同而有所差异， 其中Pseudomonasdesmolyticum NCIM2112[10]对于Direct blue-6 的降解过程中不但产生过氧化物酶（Lip）和漆酶（laccase），还有酪氨酸酶（tyrosinase） 以及aminopyrineN-demethylase，这些酶都是在静态缺氧环境下产生的。