污泥焚烧后排放的烟气中会有少量的NOx、SO2等大气污染物，这些污染物的排放与焚烧污泥的成分、焚烧工况等有关。对于这些酸性气体污染物的控制也应从产生机理方面着手。在焚烧过程中产生的 NOx分为两类，一类是污泥中含氮的化合物由于燃烧被氧化生成的NOx ，称为燃料型NOx ，另一类是焚烧炉内空气中的氮在高温状态下氧化生成的称为燃烧型NOx 。焚烧过程中SOx的生成主要是由于污泥中的硫元素在焚烧过程中与氧化合，此外烟气中Sox的生成和焚烧物质成分的关系紧密。

  研究发现焚烧温度对NOx的生成影响很大，通过控制焚烧温度可以减少NOx的生成；研究了碱性吸附剂对焚烧过程中产生的 NOx吸附去除效果，发现吸附能力与吸附剂的量和焚烧温度有关。对于焚烧烟气中的这些酸性气体，多采用烟气脱硫脱氮技术进行后处理，常用的技术有石灰石石膏法烟气脱硫技术以及氨选择性催化还原技术。