微生物絮凝剂是指微生物自身产生的具有絮凝活性的次生代谢产物，能使离散微粒（包括菌体细胞自身）之间互相黏附，并使胶体脱稳，形成絮状沉淀而从体系中分离出来。这种研究和应用在酵母酿酒工业中已有100 多年的历史。这类微生物（具有分泌絮凝剂能力，也称絮凝剂产生菌）经过驯化筛选或构建出的菌株，自身就可利用废物进行繁殖，在反应体系中发挥作用，在废水脱色方面比普通絮凝剂更具吸引力。至今发现的具有絮凝性的微生物绝大多数来自土壤中，包括霉菌、细菌、放线菌和酵母菌等，由微生物产生的絮凝剂是一种无毒的生物高分子化合物，包括：利用微生物细胞壁提取物的絮凝剂、利用微生物细胞代谢产物的絮凝剂、直接利用微生物细胞的絮凝剂、克隆技术所获得的絮凝剂。微生物细胞是天然有机高分子絮凝剂的重要来源，如藻类细胞壁有许多异多糖成分，酵母菌细胞壁的葡聚糖、甘露聚糖、蛋白质及N-乙酰葡萄糖胺等成分也可用作絮凝剂。活性污泥法处理过程中容易发生污泥膨胀，若添加微生物絮凝剂，能消除污泥的膨胀。