化学法的除磷效率高于生物除磷且稳定可靠。一般情况下，出水TP含量可满足小于1mg/L的排放要求；当化学法结合后续生物处理时，出水的TP含量可望满足0.5mg/L的排放要求；在化学法后增加出水过滤，出水TP可达到0.2mg/L。虽然Ca5(OH)2(PO4)3处于热力学稳定态，但除磷效率取决于磷酸钙的溶解度，利用pH和磷酸钙浓度之间的关系可优化反应器的除磷效率。磷酸钙类沉淀物的溶解度曲线和大量石灰法化学除磷实践表明，pH必须调节到较高值（通常为10.5左右）才能使残留的溶解磷浓度降到较低的水平。石灰法除磷的pH值通常控制在10以上，由于过高的pH会抑制和破坏微生物的增殖和活性。因此石灰法不能用于协同沉淀。经过石灰法前置沉淀除磷的原污水pH值往往偏高，虽然生物处理过程中产生的二氧化碳以及硝化作用对碱度的消耗都能使pH有所降低，但经过石灰法除磷的初沉污水在进入生物处理系统之前仍需采取pH调节措施。经过石灰法后置沉淀除磷的污水必须调节pH才能满足排放要求。聚磷酸盐在酸性条件下可以水解为正磷酸盐，大多数生活污水的pH范围在6.5～8，温度在10℃～20℃，在此条件下水解的过程非常缓慢；然而在污水中细菌生物酶的作用下，可以大大加快水解转化过程，生活污水中的不少聚磷酸盐在污水到达处理厂之前已经转变为正磷酸盐。此外，在污水生化处理过程中，所有的聚磷酸盐都被转化为正磷酸盐，同时在细菌的作用下，污水中的有机磷也部分转化为正磷酸盐。