自1999年6月始，建发股份以自有资金收购厦门联合发展（集团）有限公司，以募集资金收购厦门航空有限公司40%股份，相继成立厦门建宇实业有限公司、厦门建发物流有限公司、厦门建发汽车有限公司、厦门建发纸业有限公司、厦门建发酒业有限公司、厦门建发物资有限公司、天津建发实业有限公司、厦门星原投资有限公司、厦门建发原材料贸易有限公司，投资参股厦门船舶重工股份有限公司，占其20%股份，投资设立全资子公司厦门建发金属有限公司，在上海投资设立上海建发实业有限公司，投资设立全资子公司广州建发贸易有限公司、厦门建发轻工有限公司和厦门建发化工有限公司。2003年，向建发集团转让所持厦门航空有限公司40%股权，增发9000万股人民币普通股，募集资金约8亿元，收购厦门国际会展中心95%的股权。2004年，投资设立全资子公司泉州建发实业有限公司、厦门百格实业有限公司、厦门建发晟茂有限公司。2005年，出资1亿元人民币与厦门象屿集团有限公司共同设立厦门现代码头有限公司，占其50%股权。