羟甲基三聚氰胺缩聚时其仍保留三氮杂苯环，缩聚反应主要是通过不同三聚氰胺上的羟甲基之间或者羟甲基与另一个三聚氰胺分子中氨基上的活泼氢之间进行，它们分别通过甲醚键或次甲基键链接起来：，在树脂形成过程中，三聚氰胺甲醛树脂会逐渐失去与水的相容性，这可以归结为在缩聚反应过程中羟甲基逐渐减少的缘故。

  由于羟甲基三聚氰胺在缩聚过程中能同时形成次甲基键相甲醚键，若固化树脂中保留有大量的甲醚键，则使体系的交联度下降。因此已研究了这两种键在热固化三聚氰胺甲醛树脂中的比例。研究表明，当M/F 为1:6(摩尔比)时，固化树脂中几乎全为甲醚键；当M/F 为1:2(摩尔比)时，固化树脂中次甲基键的形成较占优势。当三羟甲基三聚氰胺热固化时，固化树脂中甲醚键与次甲基键的比例约为3:1。