1912年7月7日教育部突然下达了结束北京大学的命令；严复向教育部提交《论北京大学不可停办现说帖》；紧接著又给教育部上呈《分科大学改良办法说帖》；7月10日教育部打消了停办北京大学的动议（《严复的一些史实》之二百零一）
严孝潜
1912年7月
1912年7月7日（五月二十三），教育部突然下迏了结束北京大学的命令。并将“结束北京大学校办法”通知给学校。
教育部以经费困难为借口，同时认为原京师大学堂自开办至清末十余年，学生班次虽有增加，但毫无成绩可言；国体变更后，社界各界对该校均表示不滿，遂决定停办北京大学，并提出了解散北京大学的具体办法：各分科大学学生一律提前于1912年年底毕业，给予选科文凭，概不授予学位；本年下学期各分科大学一律不招新生；文科及预科教务长均应裁撤；除文科学长外，各分科学长应兼教员。
北京大学得以顺利开学，严复倾注了很多心血，教育部的命令，将使严复的努力付诸东流，而且马上裁撤文科教务长，文科的一切教务工作，将全部由文科学长的严复直接负责，而严复还要负责校长的重大事务，这无疑直接加重了严复的工作负担。严复认为北京大学不可以停办，对教育部的决策，十分气愤。（《严复大传》第390页）
於是严复又向教育部撰写提交了一份《论北京大学校不可停办说帖》，陈述不可停办北京大学的理由。
严复在《论北京大学校不可停办说帖》中，首先回顾了接办该校的大概情形：
“北京大学创建十有余年，为全国最高教育机关，未尝一月停辍。去年武汉事起，学生相率散归。代谢之后，国用愈绌，几至不名一钱。此校仅图看守，亦且费无从出，前总监督劳乃宣谢病而去，本校长受任于危难之际，承袁大总统谆切相托，义难固辞，勉强接事。时与学部度支两首领再四磋磨，商请用款，迄无以应，不得已乃陈明总统，由华俄银行暂借银数万两，榰柱目前重行开学。此本校长接办以来之大概情形也。”
接着，严复陈述了北京大学不可停办的理由：
“查北京大学，考其程度、教法，欲与欧美各国大学相提并论，固不可同年而语。然在其建置之初，固亦极当时之人材物力，竭蹶经营，以免企其所蕲向之鹄的，又积十余年之因仍迁嬗，糜财耗时，而后有今日之地位，为全国中比较差高之学校。今若将其尽废弃，是举十余年来国家全力所惨淡经营，一旦轻心掉之，前此所糜百十万帑金，悉同虚掷，且北京为革命后地方完全未经破坏之区，前日大学形式仍然存在，学生在校肄习历有岁年，纵不能更照旧章，予以出身奖励，将持何理由而一士门摧残遣散之乎？此则停办大学之未可，一也。
夫各国之有大学，亦无法定其程度。取甲国之大学与乙国之大学相比观之，不能一致也；取某国内甲地之大学与乙地之大学相比观之，亦不能一致也。此固有种种原因，种种之历史，从未有一预定之程度，必至是而独得为大学，不至是遂不得为大学者也。且程度亦何常之有？吾欲高之，终有自高之一日，若放任而不为之所，则永无能高之时。此则停办之说之未可，二也。
且吾国今日应有学否手？往者初立大学之时，言教育者即多訾议，以为我国教育方针必从普及入手，令中小学未备而先立大学，无基为墉，鲜不覆溃，则不知高等大学与普通教育双方并进，本不相妨。普通教育所以养公民之常识，高等大学所以养专门之人才。无公民则宪法难以推行，无专门则庶功无由克举。今世界文明诸国，著名大学多者数十，少者十数。吾国乃并一已成立之大学，尚且不克保存，岂不稍过；且北京者，民国之首都也。天津西沽大学又有历年，其学科阶级，夙在高等学堂之上；江渐各省及湖北武昌，亦方议建立大学。北京既称国都，反出行省之下，本末倒置，贻诮外人。此则停办之说之未可，三也。
且国家建立大学，在宗旨与中小学等各学校不同。中小高等，皆造就学生之地；大学固以造就专门矣，而宗旨兼保存一切高尚之学术，以崇国家之文化。各国大学如希腊、拉丁、印度之文学、哲学。此外，尚有多科，皆以为文明国家所不可少，设立学官、立之讲座、给予优薪、以待有志者來，学者得其师资，即使无人，而各科自为研究探賾索隐，教思无穷，凡所以身重其国教化之价值也。日本有森泰来香，为全国中能诗之第一手，而其大学即延之以为诗学讲师。夫日本之于汉文，早已视同刍狗，于诗学乎何有此？其专为目前效用计哉，亦所以具备大学之科目，而自隆其国家之身价也。其余如吾国小学、经学及阳明心学、佛教、梵文等，无不加以特别之研究。彼国醉心欧化，而且保全中国旧学若此！今日革新方亟，旧学既处于劣败之地，势难取途人而加以强聒，顾于首都大学，拟不妨略备各重要专科，以示保存之意。全国之大，必有好古敏求之士，从而为之者；即使向往无人，亦宜留此一线不绝之传，以符各国大学设科之意。至于科目，亦宜详加甄采，以备仿循，不独为造就目前学生计也，如此，则学生之人数多寡有无，皆不足以沮进行之计划。况既为全国比较差高之学校，当亦有此较相当之学生，既有造就之盛心，必不患无学者。此次开学，蒙总长莅校，有设立研究会之政见，但若依前说办理，则功效当复相同。是则为吾国保存新旧诸学起见，停办之议之未可，四也。”
至于经费问题，严复认为这对国家不过九牛一毛，更不能以此作为解散北京大学的理由：
“至于养校之经费，则窍以谓今之大学固当问其存宜与否？存矣，则当问其进行之计划为如何，不得以筹费之难易为解决也。”以“国家肇建万端，所需经费何限！区区一校所恃以存立耆，奚翅九牛一毛，其所以保持者甚大，所规划者至远如此，夫何惜一年二十余万金之资，而必云停废乎？此则不佞所大惑不解者也。”
严复也承认该校以前办理不善，但可改良，而目前急应解决的是存废问题，“大部如以鄙见为不然，则方来之事，请待高贤；若以为犹有可从，则改革之谋，请继今以进谨议”。 （《严复集》补编第116页）
当时的北京大学确实也存在很多问题，有的学生虽然回校报到，但一直不上课，在校外闲荡，吃喝嫖赌，吸鸦片，带小妾，社会影响很坏。严复对这些学生没有好感，同时也认识到北京大学在课程、师资等方面有很多需要改进之处。为此，严复又给教育部上呈了一份数千言的《分科大学改良办法说帖》。
该说帖主要有两方面内容：
第一，结束以前的办法：（1）对旧有学生。拟缩短原定学期至迟一年内一律提前毕业，作为大学选科毕业生，予以选科毕业文凭，以免新旧参差，教法不能一致。（2）处置已聘教习。所聘外国教习按合同处理，中国教职员工本无合同约束，应通过考核斟酌去留。
第二，今后改良办法：（1）今后招生以考试为准，不重以前的文凭；学生在校期间收取食宿费；毕业时由学校发给文凭、学位。（2）除非万不得已，今后招聘教员以本国人才为主。（3）文、法、理工、农、商诸科具体改良办法。具体而言，文科：本着兼收并蓄、广纳众流的原测，应涵盖东西方哲学、中外历史、舆地、文学等内容，招收中西学均有棍底的学生，聘请宿学名家任教。法科：招收具有普通法学知识、精于中文、兼通英文或德文的学生。以本国法律为主课，用
与此同时，北京大学的学生也群情激昂，纷纷联名提出许多抗议性说帖或请愿书，他们先后提出《论文科大学不应缩短毕业期限说帖》、法科《反对改办选科说帖》、工科《维持工科办法说帖》、农科《陈请妥筹维持本科办法说帖》等等。（《严复大传》第394页）
今天严复回信给熊纯如。
严复在回信中讲：“本校预科是否招生，半月内乃有定夺。此时外间失学子第甚多，一定招生插班，颇有拥挤之患，奈何奈何！” （《严复集》第三册第606页）
严复在信中说：“姚（永概）教务长文科改良办法并吴教务长代拟说帖稿，请交大家评阅。再，他科改良办法及庶斋务两处说帖，亦应请早日交齐，以便商榷。为恳。”（《严复集》补编第308页）
受信人鸿翁，生平待查。
范源廉（1875-1827）字静生，湖南湘阴人。曾留学日本。1904年回国后，历任清政府学部主事、参事。民国成立后任教育部次长，1912年7月，继蔡元培之后任教育总长。
北京大学得以顺利开学，严复倾注了很多心血，教育部的命令，将使严复的努力付诸东流，严复认为北京大学不可以停办，对教育部的决策，十分气愤。於是严复又向教育部撰写提交了一份《论北京大学校不可停办说帖》，陈述不可停办北京大学的理由。
当时的北京大学确实也存在很多问题，同时严复也认为北京大学在课程、师资等方面有很多需要改进之处。为此，严复又给教育部上呈了一份数千言的《分科大学改良办法说帖》。
由于严复的据理力争以及北京大学师生的坚决反对，
1912年7、8月间，严复还给熊纯如写了一封信。
严复在信中讲：“闻读《名学》有得，甚喜！好学深思，固宜若此。弟如欲钞，此书不妨留庋案头，兄一时亦无所用之，特他日如续译后半，彼时须见还耳。……大学预科，自属周学长直接为政，复颇不愿侵权，俟晤时与之细商可耳。”（《严复集》第三册第606页）
1912年夏天，严复在教育部夏期讲论会上，作《进化天演》的演讲。宣传“进化”与“竞争”的观点。
1912年8月
1912年8月上半月，严复由于在春季向华俄道银行所借为期半年的七万两借款即将到期，而国库空虚学款仍无着落，遂分别向英国汇丰、法国汇理、华俄道胜等银行商借学款，但均遭拒绝。其借口是，它们都已参加六囯银行团，在民国大宗借款未成以前，不能自由出贷小额款项。（《严复大传》第395页）
在这段时间中，教育部提出将北京财政学校高等班并入北京大学，严复以北大自身经费困难为由婉拒。教育部遂将财政学校高等班并入法政专门学校。（《严复大传》第395页）
严复在信中讲：“日来急欲到津，一视吾儿开刮后体中何苦，不幸因校中借款未定，不能成行。明日英公使约午歺晤谈，成否在此一举。若仍不成，则止能咨呈政府，请其另筹矣。舅决计星期六，即后日早车赴津，作一两日勾留也。昨戈升归，言儿精神尚是疲惫，未能起坐，吾心极悬悬，不知这两日可觉健朗。吾儿此番可谓冒险求医，所愿一刮之后，化病体为康强，使吾稍释悬系。惟是体气之事，不宜仅恃医药，恃医药者，医药将有时而穷。惟此后谨于起居饮食之间，期之以渐，勿谓害小而为之，害不积不足以伤生，勿谓益小而不为，益不集无由以致健；勿嗜爽口之食，必节必精；勿从目前之欲，而贻来日之病。卫生之道，如是而已。吾儿颇乏纳谏之度，故舅不以口而以书，想吾儿能察其诚而稍回慧听也。嗟乎！女子天资容表若几者盖稀，理应略存省察，去其瑕疵，勿忽焉而致丛为一身之苦痛，糜財伤躯，当亦聪明人所急须猛省者耳。” （《严复集》第三册第843页）
1912年8月间，海军部设编译处，以严复为总纂，令部员翻译外国海军图籍。（《海军大事记》）