企业在纳税年度无论盈利或亏损、处于减免税期内，均应按照税法和有关规定办理年度所得税申报。
企业应在纳税年度终了后4个月内向主管税务机关办理年度所得税申报，并按自行申报数将应补税款缴纳入库；主管税务机关应在年度终了后5个月内完成对企业的汇算清缴工作。年度中间发生合并、分立、终止的企业，应自停止生产、经营之日起30日内向主管税务机关办理所得税申报，并应按自行申报数将应补税款缴纳入库；主管税务机关应在60日内完成对企业的汇算清缴工作。
企业因特殊原因，不能按照规定期限办理所得税申报的，应在申报期限内提出书面申请，报经主管税务机关批准，可以适当延长申报期限。
企业因特殊原因，不能在规定期限内准备齐全所得税申报资料的，应在规定期限内提出书面申请，经主管税务机关批准，可先按规定报送所得税申报表及附表，其他有关报表、资料可以适当延期报送。
企业办理所得税年度申报时，按国税发[2003]13号文应当如实填写和报送下列报表、资料：（1）企业年度所得税申报表及其附表； （2）年度财务会计决算报表；（3）中国注册会计师的查帐报告； （4）主管税务机关要求报送的其它资料。
2005年5月1日起执行的《国家税务总局关于印发《纳税人财务会计报表报送管理办法》的通知》（国税发[2005]20号）规定，国税发[2003]13号文规定要报送的上述报表有效。“今后凡依照法律、行政法规以及总局的规定{附件二：《国家税务总局关于印发新修订的外商投资企业和外国企业所得税汇算清缴工作规程的通知》（国税发〔2003〕12号）、《国家税务总局关于印发新修订的外商投资企业和外国企业所得税汇算清缴管理办法》（国税发〔2003〕13号）}要求纳税人报送的财务会计报表，均由《办法》规定的统一报送方式替代，不再分税种单独报送。即同一种报表纳税人按规定原则上只报送一次，由税务机关统一采集、录入信息系统，按照“一户式”存储的要求进行管理。目前，各省市在财务会计报表之外要求纳税人报送的同类报表，凡财务会计报表数据能够满足工作需要的，一律取消；凡与财务会计报表数据有部分重复的，要立即修改报表内容并重新发布，以避免重复报送。确属税收管理特殊需要而报表数据又不能满足的，县级税务局可以统一确定由纳税人另行提供”。
企业采取汇总或合并申报缴纳企业所得税的，应在每年5月31日前向分支机构或营业机构所在地主管税务机关提交由总机构所在地主管税务机关出具的、已在总机构所在地汇总或合并缴纳企业所得税的书面证明，以及该分支机构或营业机构年度所得税申报表和会计报表。超过上述期限的，由分支机构或营业机构所在地主管税务机关就地核实证收。
企业在申报年度所得税时，所附送的中国注册会计师出具的年度查账报告，应对有关税务调整事项要求注册会计师在其查账报告中进行列示，并对有关税务调整的项目、原因、依据、金额等逐一作说明。
企业未按规定期限办理申报，或报送资料不全、不符合要求的，主管税务机关应责令其限期申报、补报或重报。
企业未按规定期限办理申报，主管税务机关除责令其限期申报外，可按照征管法的规定处以 2 000元以下的罚款，逾期仍不申报的，可处以2 000元以上1万元以下的罚款，并核定其年度应纳税额，责令限期办理所得税汇算清缴。
企业未按规定期限办理所得税汇算清缴，主管税务机关除责令其限期办理外，对发生税款滞纳的，应从滞纳之日起，按日加收0.5 ‰的滞纳金。
（五）汇算清缴：
为搞好外商投资企业和外国企业所得税汇算清缴，国家税务总局制订并重新修订了《外商投资企业和外国企业所得税汇算清缴管理办法》（国税发[2003]13号），明确规定：
1、汇算清缴对象：凡在纳税年度内已开始生产、经营（包括试生产、试营业）的企业，或在纳税年度中间发生合并、分立、终止的企业，无论盈利或亏损，除经主管税务机关批准外，均应按照税法及本办法的有关规定参加所得税汇算清缴。
2、汇算清缴要求：（1）企业应在年度终了后四个月内，填写企业所得税年度申报表，向其主管税务机关申报上一年度的应纳税所得额、应纳所得税额、减免所得税额、抵免所得税额、境外应补所得税额，并应依其全年实际应纳税额减除已预缴的所得税额，自核自缴应补缴的税额；主管税务机关应在年度终了后五个月内，对企业的年度申报表及有关资料进行一般性审核，并办结企业年度所得税多退少补事项。
（2）年度中间发生合并、分立、终止的企业，应自停止生产、经营之日起30日内向主管税务机关办理所得税申报，并将应补税款缴纳入库；主管税务机关应在企业停止生产、经营之日起60日内完成对企业申报资料的审核及办结税款多退少补事项。
3、报送报表、资料：
（1）企业年度所得税申报表及其附表；
（2）年度财务会计决算报表；
（3）中国注册会计师的查帐报告；
（4）主管税务机关要求报送的其它资料。
4、汇缴前的工作：企业在汇缴前，应检查须审批的事项是否已报经主管税务机关审批、审核或确认；已取消审批的事项，应准备好说明资料。
5、特殊情况处理：企业因特殊原因，不能在规定期限内办理年度所得税申报或备齐年度所得税申报资料的，应在年度终了后四个月内，填写《延期申报申请审批表》，向主管税务机关提出延期申报申请，经主管税务机关批准后，可以适当延长申报期限，或先按规定报送所得税申报表及其附表，其它有关报表、资料适当延期报送。主管税务机关批准延期申报的期限最长不得超过一个月。
6、采取汇总或合并申报缴纳所得税的企业的总机构或营业机构（以下简称汇缴机构），应在每年5月31日前，向汇缴机构主管税务机关索取《外商投资企业和外国企业汇总或合并申报企业所得税证明》，并应在6月30日前将该证明及其年度申报表和会计报表送达其分支机构或营业机构（以下简称营业机构）所在地主管税务机关。
在上述规定期限内未向营业机构所在地主管税务机关提供汇缴机构所在地主管税务机关出具前述已汇总申报的证明，且又无延期申报批准文件的，由营业机构所在地主管税务机关负责检查核实或核定该营业机构应纳税所得额，并结合税收法律法规规定的税收待遇，计算应补税额、就地征收及实施处罚；但企业汇总申报处于亏损年度或免税年度的，应由营业机构所在地主管税务机关书面通知汇缴机构所在地主管税务机关进行统一税务调整处理。
7、企业在办理年度所得税申报时，应要求中国注册会计师在其出具的年度查帐报告中列示有关税务调整的项目、原因、依据、计算过程、调整金额等，并注明年度应纳税所得额。
8、企业申报年度所得税并自核自缴应补缴税款后，经主管税务机关审核，仍须补缴所得税的，应在收到主管税务机关送达的《外商投资企业和外国企业所得税汇算清缴涉税事宜通知书》（补税企业适用）后按规定时限将税款补缴入库。
9、企业申报年度所得税并经主管税务机关审核后，需要办理退税的，应在收到主管税务机关送达的《外商投资企业和外国企业所得税汇算清缴涉税事宜通知书》（退税企业适用）后，及时向主管税务机关提出退税申请，并按照主管税务机关的要求办理退税手续。
10、企业在所得税汇算清缴期限内，发现当年度所得税申报有误的，可在所得税汇算清缴期限内向主管税务机关重新办理年度所得税申报和汇算清缴。
11、企业报送报表期限的最后一日是法定休假日的，以休假日期满的次日为期限的最后一日；在期限内有连续3日以上法定休假日的，按休假日天数顺延。
12、企业未按规定期限办理年度所得税申报，且未经主管税务机关批准延期申报，或报送资料不全、不符合要求的，应在收到主管税务机关送达的《责令限期改正通知书》后按规定时限补报。
企业未按规定期限办理年度所得税申报，且未经主管税务机关批准延期申报的，主管税务机关除责令其限期申报外，可按照征管法的规定处以2000元以下的罚款，逾期仍不申报的，可处以2000元以上1万元以下的罚款，同时核定其年度应纳税额，责令其限期缴纳。企业在收到主管税务机关送达的《应纳税款核定通知书》后，应在规定时限内缴纳税款。
13、企业未按规定期限办理所得税汇算清缴，主管税务机关除责令其限期办理外，对发生税款滞纳的，应从滞纳之日起按日加收万分之五的滞纳金。
14、企业同税务机关在纳税上发生争议时，必须先依照主管税务机关的纳税决定缴纳税款及滞纳金或者提供相应的担保，然后可以在缴纳税款或提供相应的担保之日起六十日内向主管税务机关的上一级税务机关申请行政复议。
15、经主管税务机关批准采用非公历年度作为纳税年度的企业，应在其纳税年度终了后五个月内完成年度所得税汇算清缴。