中国首先实行朝廷制策考试来选任官员是在西汉文帝十五年(前165年)。严格意义的科举是以考试成绩为录取人才的进士科设立以后考试取士阶段。自隋炀帝大业元年(605年)设立进士科以后，到唐代发展成为选官考试的重要科目；到宋代更是包容合并了诸科，到明清两代成为唯一的常设科目。在漫长的科举史上，关于科举制的存废利弊影响较大的则是六次高层次的争论与变迁。
第一次，“唐广元年之争”——“府学之争”，是传统与新兴势力的抗衡。第一次争论发生在唐代宗广德年(763年)，且称“唐广元年之争”。科举制发展到中唐已经历了100余年，进士科出身者在唐代政治和社会中的影响也日益扩大，科举制特别是进士科的利弊得失已日益显示出来。唐高宗时进士加试诗赋以后，许多应考举子皆诵当代的诗赋，很少去读《六经》、《三史》之类的典籍，加上允许考生投牒自举，形成了“露才扬己”的觅举风尚。为了使取士本于“言行敦实”，礼部侍郎杨绾上疏奏请停罢进士、明经和道举科目，令县令依古制察孝廉。为此，唐代宗诏令朝廷诸司通议。给事中丞李栖筠、尚书左丞贾至、御史大夫严武等纷纷发表议论，赞同杨绾的建议。尤其贾至还把“安史之乱”归结为取士不当引起风华不佳造成的。但当时执政宰相元载认为，“举人旧业已成，难于速改，其今岁举人，望且许应旧举，来岁奉诏，仍救礼部即具条例奏闻。”唐代宗又以废进士科问于翰林学士，回答说：“进士行来已久，遗废之，恐失人业。”于是下诏孝廉察举与明经、进士科举兼行。[i]结果是科举制度过了第一次被停废的危机，而孝廉和《五经》秀才等察举办法实行不久即告终止。
第二次，“文武之争”——“党锢之争”。第二次停罢进士科的企图是在唐文宗至唐武宗时期(827—846年)。文宗时，郑覃以经术位致宰相，对进士科的某些浮华风尚深为嫉恨。开成初(836年)，郑覃奏请礼部贡院宜罢进士科，认为，“南北朝多用文华，所以不治。士以才堪即用，何必文辞?”并说“此科率多浮薄，不必尽用”。但唐文宗认为“轻薄敦厚，色色有之，未必独在进士。此科置已二百年，亦不可邃改”。因此，尽管郑覃屡次奏请停罢进士科却未能成功。唐武宗即位(841年)，以门荫入仕的宰相李德裕尤其厌恶崇尚文辞的进士，并请罢去进士及第后期集、参揭和曲江题名等仪式和活动。郑覃、李德裕罢废进士科的努力是与当时政坛上的“牛李党争”密切相关的。
第三次，公平与效率之争。这次关于科举制利弊存废的争论发生在北宋中叶。此次争论时间旷日持久，并与经术文学之争、南北地域之争、学校科举之争交织在一起。参加争论的人士非常多，上至皇帝、下至一般官员都曾卷了进去，其中像王安石、司马光、欧阳修、苏拭等人不仅是著名的学者，而且是亲自参与掌管过科举考试的大臣，因此影响重大。王安石强调要重视学校养士，并对科举作了重大改革，罢去明经等诸科，进士科不再试诗赋、贴经和墨义，只试经义和策问。司马光主张进士科应注重经学，并且应分区定额录取。欧阳修则反对司马光的主张，认为应该完全以考试成绩来定夺而不应分区取人。宋神宗还下令中央各部司讨论是否应恢复察举办法。像唐代宗时一样，多数议者皆认为要改变科举办法。而苏轼则上疏极力为科举辩护，指出科举考试有一定标准，远远优于无客观标准的察举德行，也比直接从学校中取人更为可行。但是到宋徽宗时蔡京当权，崇宁三年(1104年)诏令“天下取士，悉由学校升贡，其州郡发解及试礼部法并罢”。科举罢后，出现了很多弊病，因而在宣和三年(1121年)又下诏恢复了科举取士。此次科举中断时间为17年。[ii] 范仲淹、欧阳修和王安石的三次兴学与苏轼的反对是学校与科举之争在教育与考试上的反映。王安石创“三舍法”试图实行学校教育与科举考试相统一。
第四次，“元代族群文化冲突之争”。元朝统治者在官员任用方面倚重蒙古贵族和军功吏才，因而对考试取士办法最初并不在意。经过许多儒臣的努力，才在元仁宗皇庆二年(1313年)建立了科举制度，此时距元世祖攻灭南宋(1279年)已有34年之久。这是中国科举史上中断时间最长的一次。科举建立后，一些蒙古和色目贵族还是力图加以罢止。元惠宗元统三年(1335年)，丞相伯颜认为有不少举子以赃败，参政许有壬则说：“科举未行之先，台中赃罚无算，岂必尽由于举子？举子不可谓无过，较之于彼则少矣。”许有壬指出了科举出身者总体上比其他途径入仕者相对较为清廉的事实。尽管伯颜一意孤行停废了科举，但由于科举取士有其存在的合理性，在至正元年[iii](1341年)又得到了恢复。
第五次，“皇帝自知之争”，表现为明初科举与荐举的反复。明朝建立伊始，便着手制定科举办法，明太祖洪武三年(1370年)规定“使中外文臣皆由科举而进，非科举者毋得与官”。连续三年开科之后，朱元璋认为科举“所取多后生少年，能以所学措诸行事者寡，乃但令有司察举贤才，而罢科举不用。”可是，荐举的情况并不比科举更好。由于没有可以衡量的客观标准，荐举人员既多且滥，长此以往，必至无官可授，且荐举所得人才同样缺乏行政才能。经过比较，朱元璋认识到科举选拔人才还是比荐举更有成效，于是在洪武十五年(1382年)宣布恢复科举，并制定“科举之式”，成为后来明清两代一直遵行的“永制”。
第六次，公平效率之争的循环。时间发生在清乾隆三年(1738年)。以兵部侍郎舒赫德为代表主张变革。他认为科举考试空疏无用，难以选拔人才，“应将考试条款改移更张，别思所以进拔真才实学之道”。乾隆皇帝将舒赫德的奏章下发给礼部议复。礼部复奏指出科举确有不少弊端；但“圣人不能使立法之无弊，在因时而补救之”，并说时文、经义及表、判、策论等考试文体在测验人才方面也有其特定价值。礼部认为科举不可废，若要改变科举之法，无论是采用上古官学养士或乡举里选之法，其弊端并不亚于科举。当时礼部对科举存废利弊的看法与宋代苏轼的观点基本相同，最终科举制得以不废。
以上六次有关科举存废之争都发生在封建时代最高决策层，作为“国家抡才大典”，科举取士制度关系重大，因而无论是要废除或恢复科举，都要由皇帝本人最终做出决断，皇权在科举时代有着不可动摇的霸权地位，论争的结果最终都是以科举制度战胜了废除科举制度。这是因为科举制度与封建皇权统治有着目标的一致性。