“进料加工”分“一般进料加工”和“保税进料加工”。对于“一般进料加工”，进口料件需要按规定交纳进口环节的增值税；对于“保税进料加工”，进口料件实行保税，免征进口环节的增值税。
“一般进料加工”贸易方式出口货物与一般贸易方式出口货物的“免、抵、退”税计算大致相同，只是“保税进料加工”在计算当期不予抵扣或退税的税额和应退税额上限时，对免税进口的保税料件视同已征税款计算模拟抵扣税款。即：当期不予抵扣或退税的税额=当期出口货物离岸价格×外汇人民币牌价×（征税率-退税率）-当期海关核销免税进口料件组成计税价格×（征税率-退税率）应退税额上限=本季度出口货物的离岸价格×外汇人民币牌价×退税率-本季度海关核销免税进口料件组成计税价格×退税率（注：免税进口料件的退税率以复出口货物的退税率为准。）其余抵、退税的计算，具体步骤和公式与前述一般贸易方式出口货物的“免、抵、退”税计算步骤与公式相同。
例：某生产皮鞋的外商投资企业，2000年3月份生产出口皮鞋，按离岸价格及外汇牌价计算其取得出口货物收入800万元人民币，内销皮鞋收入200万元，进项税额100万元，其中，出口货物采取进料加工形式，进口牛、羊皮等料件，按进口报关单载明的到岸价格及数量折合人民币200万元。若该企业1季度总出口销售收入1200万元人民币，总内销收入600万元人民币，进口牛、羊皮等料件总金额800万元，则：
（1）3月份报关进口，出口企业根据进口合约、全套进口单证：
借：物资采购——进料加工（牛、羊皮等料件）200
贷：应付外汇账款（银行存款）200
（2）3月份货到口岸时，计算应纳进口关税、消费税、增值税（本例为免税进口的保税材料，免征进口增值税）
借：物资采购——进料加工（牛、羊皮等料件）x
贷：应交税金——应交进口关税x
——应交进口消费税x
借：应交税金——应交增值税（进项税额）0
贷：银行存款0
(3)3月份出口800万元，内销200万元
借：应收外汇账款——XX外商 800(万元)
贷：主营业务收入——进料加工贸易出口800(万元)
借：应收账款——国内234(万元)
贷：主营业务收入 200(万元)
应交税金——应交增值税（销项税额）37(万元)
(4)计算3月份不予免、抵、退税款=800×(17%-13%)-200×(17%-13%)=24(万元)
其中：
A、免抵退货物不得抵扣税额=800×(17%-13%)=32(万元)
借：主营业务成本——进料加工贸易出口 32(万元)
贷：应交税金——应交增值税（进项税额转出）32(万元)
B、免抵退税不得免征和抵扣税额抵减额（按“购进法”计算）=200×(17%-13%)=8(万元)
借：主营业务成本——进料加工贸易出口 8(万元)（红字）
贷：应交税金——应交增值税（进项税额转出） 8(万元)（红字）
注：3月份应纳税款=200×17%-(100-24)=-42(万元)
（4）1季度出口自产货物占本企业当期销售比例=1200÷(1200+600)=66.67%
因为该比例超过50%，所以当期可退税。又因为应退税额上限=1200×13%-800×13%=52(万元),42<52,
所以，应退税额=应纳税额的绝对值=42（万元）
借：应收账款——出口退税42(万元)
贷：应交税金——应交增值税（出口退税）42(万元)
扩展阅读：
1、进项转出=当期免抵退税不得免征和抵扣的税额＝出口货物离岸价格×外汇人民币牌价×（出口货物征税率-出口退税率）
2、如果出口企业有免税购进原材料的情况，进项转出=当期免抵退税不得免征和抵扣的税额=（出口货物离岸价格×外汇人民币牌价-免税购进原材料的价格）×（出口货物征税率－出口退税率）
3、对于不能准确划分、分开核算用于来料加工业务生产耗用的国内辅料、水电、运费等进项时，应按销售比例转出法转出进项税额，即：（来料加工收入＋其它免税货物及劳务销售额）÷总销售收入×(认证通过允许抵扣进项税额－非正常损失进项转出额) 应注意平时是按月度销售比例计算，年终按全年销售比例与月度计算会存在一个差异，根据国税函发[1995]288号文相关规定可以予以年终（申报所属期12月）申报调整。如果企业收受虚开的进项发票申报抵扣，被稽查局查处后，企业应作的帐务处理为：借：营业外支出（当年）或以前年度损溢调整（往年）；贷：应缴税金?D?D增值税检查调整，不记入当期进项税额转出科目。
http://www.chinavalue.net/Article/Archive/2008/6/26/121741.html
http://www.chinavalue.net/Blog/282853.aspx