卢象升对杨嗣昌早有极深的成见，解释是听不进去的。杨嗣昌也十分恼火，说道：“阁下是要以尚方剑置我于死了！”卢象升挖苦说：“既不去奔丧，又不能作战，被杀的是我自己，哪里还能杀人？”两人不欢而散。

　　卢象升并不是心地狭隘，不以大局为重的人，但多年积累的朋党之见和传统的意识形态枷锁束缚了他，使他不能看清形势，无法与杨嗣昌勾通。在回到昌平军营后，他给杨嗣昌写了一封略表歉意的信，说：“承蒙老年台（对杨的尊称）眷顾，冒昧陈说，激烈忠怀，毫无隐讳。也是依仗老年台有圣贤之人品，不会怪我愚狂，因此情不自禁地剖心沥胆相告。”一位督师，一位本兵，是这次战役中分主内外的两大干城，毕竟还要合作。但杨嗣昌对卢象升的忌恨却没有因此减轻，卢象升对杨嗣昌的成见也依然存在，此后兵部和督师各行其是，战局越来越坏。

　　清军正在源源南下，目标显然在京南的平原地区，杨嗣昌因而命卢象升调兵通州与高起潜统率的关宁军团汇合，以便向南机动对敌。但卢象升却以为高起潜是杨嗣昌一派人，又是监军大太监，合兵后必然被其掣肘，因而以京北敌军甚多，京城、陵寝均需防护为由，拒不从命。将在外，君命有所不受，杨嗣昌对卢象升也没有办法，只得拟定，由卢象升统宣大之军，高起潜统关宁之军，各自分头进剿。这时候，大股的清军已经在攻打京南的良乡、涿州等军事要冲了。

　　高起潜在明末的太监中是一个特殊人物。他从崇祯5年（1632）起作为监军太监吕直的副手随军出征胶东，征讨孔有德，不知为什么博得了一个知兵善战的名声，以后就成了内监中最著名的军事家。崇祯帝对他的军事才能相当赏识，一直派他在辽东边防要冲山海关担任监军太监，中间屡次裁撤内官监军，唯有高起潜的关宁监军保留不动。他在山海关任职时间长，又号称很懂军事，所负责任其实已经不仅仅是监视军事调配和行动，而是俨然一方统帅，调兵遣将、指挥作战，无所不为。这一次清军入犯，他以太监的身分直接被任命为一路官军的最高统帅，在明代的历史上还是前所未有，也最遭朝士的非议。

　　但不论是被舆论看好的卢象升还是遭到鄙视的高起潜，在分头进剿的时候，全都吃了败仗。卢象升组织了一次对敌营的突袭，没有成功；高起潜部则在卢沟桥一带企图阻击清军南下，同样是大败而归。卢象升的宣大军团和高起潜的关宁军团在明军中算是比较有战斗力的，也都有过同清军作战的经验，所遇敌军又是独立分队，人数并不太多，以全力对敌而不能取胜，实在是两军战斗素质相差太远的结果。相比之下，这两支部队毕竟还敢于一战，而内地来的各部队被调到前线，则只会远远地观望，或是望风而逃，连同清军接触一下都不敢。孙传庭的西北悍军在围剿农民军的时候打过不少次胜仗，十二月被调入京畿地区后，刚见到清军马队的烟尘就吓得屁滚尿流，全军溃乱。主帅孙传庭对这种情况都感到无法理解。这样的局面，无论是勇敢的将领、干练的本兵，还是自以为在运筹帷幄的崇祯帝本人，都没有办法挽回。

　　十一月里，平原上好像到处都有清兵在活动。顺天府的良乡、涿州、霸州、文安等州县相继失陷；保定府北部的涞水、定兴、新城等县也被攻破。上旬，保定东南的高阳县被围，城中原任督师大学士孙承宗组织奋起守城，坚持了3天，终于城陷被杀。孙承宗一辈子主持对清用兵，颇有建树，最后却在自己的家乡死于清兵之手，引起时人极大的感慨。在运河西侧，河间府的阜城、故城，真定府的衡水、武邑、枣强等县都被清军一度攻占，运河上的重镇德州报急。甚至京畿南端广平府的鸡泽、威县也在这时失守了。清军在方圆六七百里的广阔地区分头作战，各路明军东遮西挡不得要领。朝廷每天都在接到各处失利的战报，杨嗣昌对应无术，崇祯帝气急败坏，唯有再次调重兵来援。由于西北形势安定，崇祯帝在十一月先是调陕西巡抚孙传庭率所部入援，第二个月又命陕西总督洪承畴也来京畿援剿，全国精锐差不多都集中到了畿南地区。

　　崇祯帝对于卢象升在前线的无所作为大为失望，几次想要对他进行撤换，却没有什么合适的人选。十一月末，首席大学士刘宇亮在召对的时候主动提出要去出京督师。崇祯帝为此很高兴，因为以首辅的崇高身分出任前敌总司令，至少能为朝廷立威，振奋士气。崇祯帝要刘宇亮回去把这一请求写成书面奏章，不知为什么，刘宇亮的奏疏中却变成了出城督察各军。督察和督师的意义显然完全不同，崇祯帝不由对文臣的狡猾更加厌恶，但在军情紧急的时候也没有办法，只能命他出城去督察。这时候，孙传庭部已经来到战区，崇祯帝很想用他替换卢象升，还是杨嗣昌劝告说，“临阵易帅，恐怕会影响用兵”，才没有实行。但为了表示他的极度不满，在刘宇亮去督察的同时，崇祯帝还是宣布撤削了卢象升的兵部尚书衔，改为侍郎衔总督，仍然同高起潜戴罪夹剿。

　　其实这时候卢象升名为督师，实际上能统辖的只有自己的宣大军团，而且这个军团的兵力也越来越少。十一月，因陈新甲北上任职，兵部命卢象升分一部由陈新甲统率；十二月，大同方面有警报，兵部又命大同总兵王朴率部回防。这样，卢象升部下本来的二万多人只剩下了五千多，虽然多是百战之兵，却更难有所作为了。

　　负责夹剿的卢象升、高起潜两部从来没有形成夹剿之势，只是从十一月以来一直不断南进，在敌丛中周旋。卢象升在庆都（今河北完县）等处同清军交锋过几次，双方互有杀伤。十二月上旬，卢、高两部都到了河北南部的顺德府（今邢台）一带，这里正集结了大批清军。连日作战不利已经让卢象升认识到，面前的清军同他过去对付的农民军大不相同，是很难战胜的。再加上兵部不断减少自己的人马，皇帝又多次严旨切责，他深感悲愤而无奈，决心以死战来报达皇上。

　　十一日，卢象升营于巨鹿县贾庄，清晨誓师，他对将士们说：“我与你等俱受国恩，患不得死，不患不得生！”众将士皆失声而泣。卢象升率军进至蒿水桥，遇到清军，展开激战。战斗一直持续到半夜，附近的清军来援，把卢象升部包围起来。卢象升却只能孤军作战，亲自挥刀冲入阵中，杀敌十余人，身中两箭两刀，大呼道：“关羽断头，马援裹尸，在此时矣！”最后坠马遇害，其时年仅39岁。卢象升死得慷慨壮烈，为世人称道，但他的牺牲却没有对整个战局造成任何影响。在清方的史乘上，根本没有把贾庄之战当作一次重要的战役，没有做出任何记载。

　　自十二月起，清军开始渡过运河，在山东西部活动，到这年年底，清军的主力大部分已经进入山东，并且向济南方向集结。杨嗣昌本来把山东的防御重点放在德州，山东巡抚颜继祖率军移驻德州，济南的防守相当空虚。清军已经从德州以南的临清和东昌（今聊城）一线渡河进入山东，情报不明的明廷却来不及相机调动，驻防各地的明军将帅们也只照兵部的命令固守自己的防区，绝不主动增援。崇祯12年（1639）正月初一日，清军对济南发起攻击，只用半天功夫就攻克了这座鲁中第一大都会。山东巡按御史宋学朱、山东布政使张秉文等几十名官员和住在城里的几个宗室郡王都在城陷后被杀，德王朱由枢被活捉后俘虏到盛京去了。城中居民被杀的达到13万，全城被焚劫一空。

　　在崇祯帝即位以来，虽然军事失利接连不断，大小城池被清军和农民军攻陷了不知多少座，却还从来没有失陷过一座省城。亲藩大批被杀，亲王被俘，更是明代前所未有噩耗。崇祯帝在听到这些消息后，大惊失色，简直不敢相信。但除了降旨痛骂诸臣偾事，甚至逮捕惩办之外，他也只有到太庙去向祖宗汇报大难，并祈求列祖列宗保佑这个残破不堪的帝国。

　　杨嗣昌在不断的失败中也已经完全丧失了信心。年前，他为了军事接连失利而降三级，但仍任职内阁和兵部。济南失陷后，他建议由洪承畴任蓟辽总督，主持北线的对清作战；由孙传庭任总督漕运、山东、河北军务，主持南线的对清作战。但大将们都不敢再同清兵正面作战，督察辅臣刘宇亮也移师到孙传庭军中，跟在清军后面“收复失地”。好在大家都知道，清军抢掠饱足后自会班师回巢。

　　正好在年初的时候，清军右翼统帅岳托染上天花死了，其他将士们也因水土不服有不少感染天花死亡的。多尔衮不愿再久住中原，决定撤军。二月，清军集结北上，经天津卫向东，三月，从青山口出塞，安全回到辽东。清军这次远征纵横2000多里，先后败明军57阵，攻陷了50几座州县和山东省城，杀明朝两名总督和百余名各级文武官员，俘获人口牲畜共计46万多，其中包括亲王1名，郡王1名，掠夺白银近百万两，其他各种财货无数。

　　像以往历次清军入塞之后一样，崇祯帝在军警解除之后对失事诸臣进行了严厉的惩办，由于这一次清军为害最烈，这次的惩办也比以往任何一次都更为严酷。到这种时候，崇祯帝才充分表现出他的精明能干。他把文武诸臣的军事过失分为五大类，分别是“守边失机”、“残破城邑”、“失陷藩封”、“失亡主帅”、“拥兵观望”，统称叫做“五大法案”。兵部和刑部通过认真审核，确定将蓟镇总监太监邓希诏、分监太监孙茂霖、顺天巡抚陈祖苞、保定巡抚张其平、山东巡抚颜继祖、山东巡抚倪宠、蓟镇总兵官吴国俊和陈国威、援剿总兵官祖宽、李重镇，以及副将以下直至州县官员共36人一同判处死刑，立即执行；首席大学士刘宇亮以下等上百名大小官员被遣戍、削籍、罢官、降级。只有辅臣兵部尚书杨嗣昌仍然受到信任，没有受到处分。

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