左良玉桀骜不驯，为人却很讲义气。侯恂是第一个把他由偏裨提拔为大将的人，他对侯恂就始终极为尊重。前两年，侯恂在户部尚书任上因为一宗钱粮失察案被罢官逮捕入狱，左良玉却仍然同侯家保持密切的关系，行军至侯恂的家乡河南商丘的时候，也破例不抢掠骚扰。杨嗣昌就是根据左良玉的这些特点，决定委任他为平贼将军。前次罗猴山之战，左良玉丢了关防，正无法对朝廷交待，杨嗣昌不行追究，却为他讨得一颗在内府中封存多年的将军印来。杨嗣昌以为，左良玉一定会为此感戴不尽，终生为自己卖命。只要左良玉伏首听命，其他各营的将领更容易驯服。

　　杨嗣昌提拔一个武将作总统诸部的统帅，也是针对当时军制的弊端而作的安排。明代重文轻武，指挥作战的大帅全部任用文臣。一个不带侍郎衔的巡抚通常本官是佥都御史，只有四品，但麾下往往是武职一品衔的总兵官们被呼来喝去，如同厮役走卒。文官大帅位尊权重，手下却没有自己的部队。带兵的将领们受制于督抚，虽是制度决定的，心中不见得都服气。因而临阵作战时督抚大帅们经常指挥不灵。朝廷也并不真的重视这些没有真正实力的光杆司令，轻易进退任免，被罢官杀头的多是这一类总督、巡抚。将帅分离，权实不符，实在是造成明末各个战场调度失机，指挥不力的一个重要原因。杨嗣昌要以武将统兵，就是想打破这种局面。

　　另一方面，明朝的军事建置基于一种消极分散防御的战略，全国的军队分散在上百个司令部里，统称为“标”。每一位将帅，上至总督（包括总理、督师）、巡抚，下至总兵、独立带队的副将甚至参将，都有一个自己的标，多则一两万人，少则千数人，将帅们真正指挥得动的就是标下这支队伍。这种分散建置使得那些号称统军十几万的大帅在组织大型战役的时候，因为缺乏一个严密的分层指挥体系而八方掣肘，调度困难，更谈不上在战场上灵活机动地调动部队。杨嗣昌似乎很想对这种建置方面的弊病进行一些改善，但因为涉及到整个军制问题，也只能暂时用在各标以上再设一位大将的方式来增强全军的凝聚力。

　　杨嗣昌在军中设置统兵大将，实际上已经包含着对于明末陈腐军事制度进行改革的某种尝试。但百年积弊，要改谈何容易，何况杨嗣昌自己囿于时代的局限，对于应该有一种什么样的合理制度也并不清楚，因而他的这一努力后来并没有产生什么实际效用。将帅分离仍然严重，指挥照样失灵，最后导致全面失败。

　　崇祯帝对于杨嗣昌的各种请求差不多是言听计从，立即批准任命左良玉为平贼将军，把内府的大印派专员驰送前线。左良玉也确实颇为感奋，秣马厉兵，准备对张献忠大战一场，以雪前仇。杨嗣昌则并不急于发兵，而是积极整顿部队，调配力量，囤粮输饷，巩固后方，准备蓄力而发，一举取胜。这年年末，他在楚、豫、川、陕各省四处张榜，上面刻印着张献忠的头像，榜文是一首《西江月》：

　　　　此是谷城叛贼，而今狗命垂亡。兴安、平利走四方，四下天兵赶上。

　　　　逃去改名换姓，单身黑夜逃藏。军民人等绑来降，玉带锦衣升赏。

下书赏格：“能擒张献忠者赏万金，爵通侯。”

　　这当然是一种政治攻势，但据说榜文张出后不久，就有人在杨嗣昌行辕的大门上贴了“有斩阁部来降者赏银三钱”的传单，弄得杨嗣昌疑神疑鬼，以为身边尽是农民军的奸细。

　　杨嗣昌在做好了充分的准备工作之后，于崇祯13年（1640）闰正月正式对张献忠部发起围剿。这时张献忠所部为了避免同明军正面冲突，已经转移到川、陕交界一带的山区。杨嗣昌命陕西总督郑崇俭率陕军由汉中的西乡入川，从农民军背后追剿；命左良玉率湖广方面的主力驻扎在兴安（今安康）、平利一线，等着张献忠回窜入陕后迎头痛击。左良玉却不同意杨嗣昌的部署，认为张献忠如果不北上陕西而是西进成都平原，局面将无法控制。他向杨嗣昌申报了自己的意见之后，不待命令，就自行入川，同陕军协同进剿去了。

　　二月初七日，明军在四川太平（今万源）县玛瑙山同张献忠部遭遇。农民军据守山头，明军分三路进攻。这一次明军养精蓄锐多时，以逸攻劳，大获全胜，击杀农民军3000多人，张献忠的军师潘独鳌和妻妾数人被俘，张献忠亲自用的“天赐飞刀”大刀也被缴获。一些跟随张献忠的小股农民军投降。紧接着这次胜利，明军又在寒溪寺、木瓜溪等地连打了几个胜仗。张献忠屡受重创，处境十分危急，只得进入深山，迂回避敌。

　　玛瑙山之捷是几年来明军对付农民军的战争中少有的胜利，能取得这样的胜利未尝不是因为杨嗣昌集中兵力蓄锐而发的战略部署正确。但这次胜利却成了明军内部失和，自我磨擦碰撞的新起点。玛瑙山战役之后，左良玉极为得意，以为此次大功是因为不听杨嗣昌的调度自行其是才取得的，从此不把督师放在眼里。杨嗣昌想趁着张献忠处境困难，乘胜穷追，彻底歼灭张献忠部，多次命左良玉进山搜剿。左良玉这时却带兵回到湖广的竹溪休整起来。杨嗣昌多次传檄严令，左良玉一概不听。有一种说法认为，张献忠曾派人到左良玉营中劝说：“献忠在，故公见重于朝廷。公听任所部烧杀劫掠，阁部（杨嗣昌）猜忌专横，无献忠则公之灭亡亦不久矣！”左良玉为了自重而给张献忠留一条生路的可能性也是存在的。

　　杨嗣昌并不是很有气量的人，对左良玉的傲慢不驯非常愤怒，一度奏报朝廷要解除他的平贼将军职务，改由陕西总兵贺人龙担任。崇祯帝仍然完全听从杨嗣昌的安排，很快下了命令。但左良玉的实力和威望毕竟不是贺人龙所能比的，杨嗣昌犹豫了一番，又请朝廷收回了成命，仍用左良玉。这样一来，左良玉的怨气更大，而贺人龙因为平贼将军得而复失，也对督师十分不满。此后，杨嗣昌不但调不动左良玉，连陕军也不服从命令了。张献忠就趁着明军统帅部里一团混乱，无人围追堵截，悄悄率军返回到湖广的兴山、房县一带，不久又同罗汝才部汇合了。

　　尽管明军营垒已经在四分五裂，远在京城的崇祯帝对于杨嗣昌最初的成功还是很满意的。在他的一生中，真正能做到用人不疑，大概只有这一次。杨嗣昌的所有作战方案，他都原样批准；杨嗣昌请兵请饷，他责成兵部、户部尽力快速筹办；杨嗣昌要任用或罢免文武大员，他也一概照办，甚至杨嗣昌在任用大将时出尔反尔，形同游戏，也没有惹得他像往常那大发脾气。

　　朝臣们在杨嗣昌督师亲赴前线之后，出于一种对大臣身临战阵的尊重，也停止了对他的各种攻击。只有兵部因为要同这位在外的枢辅不断地打交道，不免发生一些龃龉。杨嗣昌不断有兵饷方面的要求，兵部很难全部满足，而且有些事情是有制度成例的，兵部也不愿随意改动，破坏了规矩。崇祯12年（1639）底，杨嗣昌疏劾兵部不任职守，妨害围剿大计。兵部尚书傅宗龙虽然是杨嗣昌推荐上来的，却对他的以势压人很不服气，就回了一本，说杨嗣昌“徒耗国家军资，不能立功报效，并以势欺凌朝廷大臣”。崇祯帝对傅宗龙在关键时刻不能同督师同舟共济非常恼火，正巧兵部又在辽东用人的问题上有一个失误，就以玩忽职守、戏视封疆的罪名把他逮进监狱。刑部拟罪遣戍，崇祯帝不肯，大有置之死地之势。傅宗龙在狱里呆了近两年，后来才再次被起用为陕西总督。

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