特殊规定：

　　（1）兼有免税项目应税项目的核算：

　　纳税人同时从事减免项目与非减免项目的，应分别核算，独立计算减免项目的计税依据以及减免税额度。不能分别核算的，不能享受减免税；核算不清的，由税务机关按合理方法核定。

　　（2）可以享受未享受减免税的处理：

　　纳税人依法可以享受减免税待遇，但未享受而多缴税款的，凡属于无明确规定需经税务机关审批或没有规定申请期限的，纳税人可以在税收征管法第五十一条规定的期限内申请减免税，要求退还多缴的税款，但不加算银行同期存款利息。（税收征管法第五十一条规定的加算银行同期存款利息的多缴税款退税，不包括依法预缴税款形成的结算退税、出口退税和各种减免退税。《实施细则》第七十八条）

国税发[2005]129号文《税收减免管理办法（试行）》分析：

    国家税务总局按照国务院有关国家行政审批制度改革的精神和要求，从加强依法治税，强化科学管理，优化纳税服务出发，制定了适用于各税种减免税的《管理办法》，目的就是要建立审批程序简化、审批标准明确、监督有力、行为规范、运转协调、公平透明、廉洁高效的减免税管理体制。新的税收减免管理办法，提出了简化手续，规范管理的总体思路，与《税收征管法》的有关规定紧密结合，有利于税务机关和纳税人依法办理减免税，切实保障纳税人的合法权益，具有很强的重要指导意义。