商业育种中，组织结构应该是按育种流程设置工作岗位，对整个育种流程实施程序化管理，进行工厂化育种。在信息系统的帮助下，育种材料和信息资源实现全面共享， 科研人员共同合作、流水线作业，提高育种效率。

　　分子育种是现代商业育种中的一个有效的提高经典育种效率的实用技术。在经典育种流程中加入分子育种技术，需要在原有的流程中加入专门的分子育种部门，负责植物DNA的提取，分子标记开发，生物信息学研究，基因分型平台的运行，分子数据的提供。 在整个信息流的流程中，分子数据极大地加大了信息处理的强度。这就需要强大的信息存储、传输和处理系统来扶助整个流程。如图一演示。信息系统还要能整合经典育种的表型数据与基因型数据、气象数据，（图二）以进行进一步的数据处理与决策支持。

　　图一：以基于全基因组的选择方式演示商业育种工作流程

　　图二：对抗逆性试验的商业育种工作流程

　　由于在一个大型的育种企业中，有不同的育种家负责不同的育种项目，所应用的分子标记系统以及分析方法都不尽相同。这就要求信息系统中包含抽象出来的核心育种工作流程，使育种家和在整个管道流程中的工作人员都能最大化地使用这套管理系统。如上述的工作流程中，就公用了大田试验设计与分析这个核心子流程。 流程中的每一个职能部门都能专注于自己的工作，随时接受更先进的技术培训和接触最新的理念。这样在从每个技术细节都对整个流程的改善做出贡献。

　　总体来讲，分子育种提高了经典育种的效率，加快了育种家对群体水平提高的步伐。 但是对育种管道和管理信息系统提出了更高的要求。要求标准化，自动化的工作方式，分析方法和决策支持。由于分子技术在以一日千里的速度发展，更要求系统的可扩展性和与其他专业软件的可兼容性。