大部制改革实际上是通过部门合并，使部门间利益和权能冲突与协调变为部门内部利益和权能冲突与协调，也就是化部际协调为部内协调的一种方法。随着部门间利益和权能冲突的减少和部门内部利益和权能冲突的增多，大部制改革使得部内协调的难度加大。超级大部的成立在某种程度上是为了把大量的协调工作转到部门内部进行，以减轻部门之间管理和调配人、财、物的利益和权能的负担，使有限的人、财、物发挥更大的功能和作用，从而提高行政效能。但是，实际上，由于超级大部的内设机构的利益和权能调整常常无法到位，内部管理幅度(部委领导机构与各司局之间、各个司局与处室之间直接管理的机构数量)却在增加，这些内设机构之间的协调常常变得负担更重，真正的部门一体化和职能整合往往无法实现。因为，一项决策落实到超级大部以后，并非已是万事大吉，还需由超级大部的内设机构也就是部委内各司局甚至处室去具体执行。只有把一项决策落实到了各部委的司局及其处室，部内行政才算基本到位(部外行政是将部委决策落实到社会组织和公民个人)。在这种情况下，主要承担协调任务的办公厅等会超负荷运转，主要表现为公文积压、机构臃肿和效率低下等。