微生物絮凝剂是带有电荷的生物大分子，关于它的絮凝机理主要有以下几种，其中以“桥联作用” 机理学说最为人们接受。
1 “桥联作用” 机理：絮凝剂借助离子键、氢键，同时结合了多个颗粒分子，因而在颗粒建起了“中间桥梁” 的作用，把这些颗粒连接在一起，从而使之形成网状结构沉淀下来。有实验表明 ，絮凝剂絮凝膨润土过程时，通过测定等温线和Zeta电位发现絮凝剂确实是以“桥联方式”絮凝的。
2 “电性中和” 机理：水中胶体一般带有负电荷，当带有一定正电荷的链状生物大分子絮凝剂或其水解产物靠近这种胶粒时，将中和其表面的部分电荷，使胶体脱稳，从而使胶粒之间、胶粒与絮凝剂分子之间易产生互相碰撞，通过分子间作用力凝聚而沉淀。许多实验中加入金属离子或调节pH即可影响其絮凝效果，主要是通过影响其带电性而起作用的 。
3 “化学反应”机理：生物大分子中某些活性基团与被絮凝物质相应的基团发生了化学变化，聚集成较大分子而沉淀下来，通过对生物大分子改性、处理、使其添加或丧失某些活性基团，其絮凝活性就大受影响。有些学者认为这些絮凝剂絮凝活性大部分依赖于活性基团。温度影响絮凝效果，主要通过影响其化学基团活性从而影响其化学反应。