吸附法是利用多孔性固体吸附废水中某种或几种污染物，以回收或去除污染物，达到净化废水的目的。常用的吸附剂有油粉末活性炭、煤质柱状活性炭、人造沸石、炉渣、膨润土、高岭土、硅藻土等。在制药废水处理中，常用煤灰或活性炭吸附预处理生产中成药、米菲司酮、洁霉素、扑热息痛等生产废水。青海制药集团的合成制药废水采用“炉渣吸附一木炭、炉渣吸附一活性炭、炉渣吸附”的方法，COD 的平均削减率可达75 %左右。武汉健民制药厂的中成药制药废水采用煤灰吸附作为预处理，COD 的去除率达41.4 %，大大减轻了后续生物处理系统的压力。
膜处理是利用膜将浓、稀溶液隔开，以压力差作为推动力，施加超过溶液渗透压的压力，使其改变自然渗透方向，将浓溶液中的水压渗到稀溶液一侧，实现废水浓缩和净化的目的。如采用反渗透法处理新诺明生产废水。王淑琴、李十中对土霉素结晶母液调节pH、预过滤后COD 高达1.6×104 mg/L)进行反渗透处理，可使污染物去除率达99 %以上，出水COD仅153 mg/L。
当氨氮、H2S 等的浓度超过微生物所允许范围时，生物处理过程就会受到抑制，因此降低其浓度到安全范围去除往往是废水处理效果好坏的关键。在制药废水中常用吹脱法来降低氨氮含量，如上海某制药厂的乙胺碘吠酮废水(NH3-N 浓度7200～7500 mg/L)，在实验室通过静态吹脱，氨氮吹脱效率为70.3 %～99.3 %。