首先，在指导思想上以“无产阶级专政下继续革命”为理论依据，把知青上山下乡接受贫下中农再教育作为反修防修的一项必要措施，培养和造就千百万无产阶级革命事业接班人的重要途径，从而达到知识青年的革命化。

知识青年上山下乡是一项政治运动，毛泽东认为通过知识青年上山下乡，可以改造、重塑一代青年，以防止修正主义在他们中间产生。美国国务卿杜勒斯曾经预言：“中国和平演变的希望在中国第三代、第四代身上”。因此，毛泽东在培养接班人、教育下一代的问题上格外小心翼翼。毛泽东认为，如果中国产生修正主义，那么政治、经济、文化教育等方面就是温床。要防止修正主义，最重要一条就是要知识分子劳动化，以达到缩小社会主义条件下各阶层在政治、经济、文化方面的差距，最终实现消灭三大差别。这种打破传统格局，实行生产劳动与上层建筑成为一体的思想就是毛泽东在“五七”指示中指出的，要把全国各行各业都办成工农商学兵五位一体的“大学校”的全新构想，要求学生“不但学文，也要学工、学农、学军”。

这一想法体现于知青上山下乡运动中就是使知青通过上山下乡“接受再教育”，同农民在生活、文化等方面逐步同化，不断缩小三大差别的倾向。因此，在知青上山下乡运动一味地强调在艰苦的环境中改造世界观，不切实际地将大批知青下放到生产和生活都很差的地方，吃菜、用煤都要从原动员城市运去。国家、单位、家长平均每年为一个知青花费上千元（这在当时是一笔不小的数目）。终因负担沉重最后不得不全部撤出，另选地区安置。这种浪费财力和物力人力，为政治目的而一轰而上的作法，使知青上山下乡运动蒙上浓厚的政治色彩。

其次，在方针政策上，毫无长远规划，各地区不问具体情况，把知青上山下乡作为一项政治任务来抓，一轰而起，缺乏整体部署，致使知青工作越来越窄。

据统计，1968年到1973年6月，全国就有800多万城镇知识青年到了农村，但是由于极左思潮的影响，加上林彪、“四人帮”的破坏，知青工作暴露了许多问题。很多知青在生活上长期不能自给，在口粮、住房、医疗等方面存在一系列困难。问题不断反映到中央。1973年，毛泽东复信福建知青家长李庆霖“寄上300元，聊补无米之炊。全国此类事甚多，容当统筹解决。”但是，这个“统筹解决”直至毛泽东逝世，也未能解决。各地为了完成政治任务，制定了许多主观随意性很强的土政策，使知青工作的方针政策完全处于混乱状态，导致知青上山下乡工作完全陷入了一种“跟着感觉走”的困惑迷茫之中。

再次，在方式方法上搞一刀切，采取了极端的绝对化做法。在当时宣传动员工作上，无限拔高知青上山下乡运动的意义和作用，1968年12月25日《人民日报》甚至载文把下不下乡作为衡量一个青年革命不革命的标准和对毛主席革命路线“忠不忠”的政治态度问题，舆论上造成了强大的政治压力。在动员方式上采取粗暴的强制手段，对动员对象或办学习班，提高认识；或注销城镇户口；或停发父母工资（1973年以后政策和方法有所改变），严重挫伤了广大知青及家庭的积极性和自尊心。

总而言之，处于十年动乱中的知青上山下乡运动，正如北京市革委会1969年1月25日《关于知青和城镇居民上山下乡工作中几个问题的通知》中明确指出的那样：“各级革命委员会和安置机构，在上山下乡工作中，必须高举毛泽东思想伟大红旗，突出无产阶级政治。”自始至终带有浓厚的政治色彩。