中医农业的生态交互模式主要有生态系统层次上的互利模式、生态外观层次上的景观模式、生物群落层次上的立体模式、生物种群层次上的多样性模式以及生物个体层次上的自修复模式。这些模式的综合利用，可以有效提升农业系统功能。

当前，大面积单一作物种植加上化学肥药是造成农田病虫害和土壤养分失衡的主要原因。通过带状种植，既不影响机械化操作，又可以实现农田生物多样化，利用生物群落之间交互作用（相生相克或正负化感效应））提升农业系统功能，从而达到减轻病虫害、自然培肥土壤的目的。另外，通过立体种植，可以在同一块田地上实现收益的多倍化。目前，我们中医农业基地在这方面有成熟的模式，并在全国多地推广，积累了丰富的经验。

例如，在安徽黄山中医农业基地的茶园里，采用中药材乔灌草立体种植，利用动植物、微生物等生物群落驱虫、杀虫、引虫、吃虫。茶园种植的明日叶、救心草等中药材具有很强的生命力，能够抑制杂草生长，无需使用除草剂。利用茶叶的吸附性和喜欢适度遮阴特点，种植花香、草香、果香药用植物为茶叶增香，又可以为茶树适度遮阴，为茶树创造一个适宜的健康的生态环境。再如，在云南，朱有勇院士在粮食种植和中药材种植上利用生物群落间相生相克机理让粮食和中草药不发生病虫害，达到优质高产；在贵州罗甸，农场果园里撒上野生草药种子，长出的在地面匍匐一层的草药，不仅可以驱除红蜘蛛等害虫，还能护理和培肥土壤。