在污泥膨胀的控制中，最重要的是从源头，即工艺设计阶段就防止污泥膨胀的发生，对不同的污水水质，采用不同的处理工艺，这是设计正常运行的污水处理厂的基本原则。为避免污水早期消化，可采取适当的措施，如使下水道具有合适的坡度以防止污水长时间停留；调节池、沉砂池水力停留时间不宜过长等。减小污水厂初沉池的体积或取消初沉池，以提高曝气池中的悬浮物浓度，使污泥沉降性能改善，防止污泥膨胀现象的发生。设置污泥再生池，在曝气池中补充生物填料或采用射流曝气等方法控制污泥膨胀，射流曝气的供氧方式可以有效的克服浮游球衣细菌引起的污泥膨胀。从生物反应器池形构造设计角度考虑，宜选用推流式而不是完全混合式曝气池。
在曝气池前端通过设置高负荷接触区（也称生物选择器），池中混合液呈推流状态，形成一个明显的底物浓度梯度来克服污泥膨胀。选择器可分为好氧选择器、缺氧选择器和厌氧选择器等形式。L.Prendl 等人对制糖和造纸废水实验研究证明，好氧选择器可以有效的控制021N 型、0041 型和1701 型丝状菌的生长，数十天后污泥SVI 可从300~600ml/g 降为6~90ml/g。设置调节池，对进水水质、水量进行均衡，使曝气池的负荷保持在一个比较稳定的范围内，这可在一定程度上防止污泥膨胀的发生。