在污水处理厂运行过程中也会出现污泥膨胀的问题，经过长期生产实践逐渐找到一些控制方法：降低初沉池的去除率，将部分污水直接引入曝气池。控制适宜的污泥负荷、回流比、污泥龄，调节污水的PH 值、水温、溶解氧等。在日常维护管理过程中，定期测定碳、氮、磷浓度，检验其比例是否合理；若比例不当，可适当补充营养元素，缺氮时可从污泥消化池中回流上清液。改变污水的进水方式，将连续进水改为间歇进水可控制浮游球衣细菌引起的污泥膨胀。这是因为从进水时高底物浓度到停止进水时的低底物浓度之间存在时间上的浓度梯度，有利于抑止丝状菌的生长。沉淀池及时排泥，以避免污水的早期消化，对已产生消化的污水进行预曝气等。投加一些填料，主要作为载体来吸附、凝聚丝状菌和污染物，增加比重，从而提高分离速率。例如：荷兰的Bodegraven 污水处理厂的污泥膨胀问题，