ISO的收入主要来源于以下几种业务类型。
(1)通过拓展商户取得商户拓展费。ISO成功拓展一家商户后，商户向收单机构支付商户建立费，收单机构将其中的一部分作为商户拓展费支付给ISO。
(2)通过销售与支付有关的产品、服务取得销售收入。ISO向商户销售与支付有关的产品与服务，按照销售额从收单机构获得一定比例的销售收入。
如果商户成为收单机构的受理商户，同时还向收单机构购买产品和服务，收单机构往往只向商户收取产品和服务的销售收入而不再收取商户建立费。这种情况下，收单机构仅向ISO支付部分的销售收入作为报酬；如果商户仅是收单机构的受理商户，而未向收单机构购买产品和服务，收单机构则只向商户收取商户建立费，并向ISO支付部分商户建立费，以作为商户拓展费用。
(3)通过向商户租赁机具取得机具租赁费。ISO向商户出租受卡机具，按月向商户收取机具租赁费。
(4)通过为商户维护机具收取机具维护费。ISO销售代表定期维护商户机具，更新耗材，按月向商户收取维护费。
(5)商户手续费分润收入。ISO按照交易额与收单机构分享商户手续费。
(6)商户资源使用费和出售收入。ISO拥有商户的所有权，允许一个或几个收单机构和交易处理商使用商户资源，并收取商户使用费；ISO也可将商户资源整体或部分出售给收单机构、交易处理商或其他的ISO，取得销售收入。