在70年代末期以后，农村合作医疗遭到了破坏，并开始走向低潮。1979年12月，卫生部、农业部、财政部、国家医药管理总局、全国供销合作总社联合发布了《农村合作医疗章程（试行草案）》，各地又根据这个章程对农村基层卫生组织和合作医疗制度进行整顿，坚持农民群众自愿参加的原则，强调参加自愿，退出自由，同时改进了资金筹集办法。此后，虽然少数地区的农村合作医疗事业得到了恢复与发展。但随着80年代农村承包责任制的推行，乡村公共积累下降，管理不得力，各级卫生行政部门又未能及时加强引导，全国大多数农村地区原有的以集体经济为基础的合作医疗制度遭到解体或停办的厄运，绝大部分村卫生室（合作医疗站）成了乡村医生的私人诊所。据1985年全国10省45个县的调查，农村居民中仍参加合作医疗的仅占9．6%，而自费医疗则占到81%，1986年支持合作医疗的村继续下降到5%左右，当时只有上海的郊县、山东的招远、湖北的武穴、江苏的吴县、无锡、常熟等为数不多的地区继续坚持合作医疗。