制药废水具有生化性差的特点，因为其属于二级出水（二级出水往往生化性差）。所以我们不能通过使用微生物来进行处理。从现今的技术来看，生物法是制药废水处理技术当中最为先进的，这个技术成本低、效率高。如果想要对废水进行生化处理，就得在用生化法处理废水前，通过一定的手段来使制药废水更适宜生化处理，提高生化性，然后再进行生物处理来降低制药废水中的残留物。
好氧生物处理：好氧生物处理,这项技术就是利用微生物的新陈代谢,在氧气充足的条件下,通过新陈代谢来降解废水中的有机物质,使废水更为稳定。微生物,在废水当中,利用废水中所含的有机物质来进行代谢,经过一系列复杂的反应,把能量逐渐排放出来,最后使这些有机物的能量大大降低,使这些有机物更加稳定,从而让这些有机物无害制药废水，基本上都是浓度很高的有机废水，如果要对制药废水进行好氧生物处理的话，就需要对制药废水进行稀释，这样的话对资源的消耗很大，同时制药废水的可生化性差，就算进行生化处理后，排放出的污水也很难达标，所以仅仅使用好氧处理并不被人们经常用到，想要用好好氧生物处理技术,我们就得在好氧处理前进行预处理。好氧处理法有很多种类,具体就是活性污泥法,生物接触氧化法，氧化沟法等。厌氧生物处理技术，是通过兼性厌氧菌和专性厌氧菌来将制药废水中的有机物，通过生化，把有机物降解为低分子的化合物，然后把这些化合物转化成更易处理的有机物的方法。从目前全世界的情况来看，对于高浓度有机废水的处理，主要就是用厌氧生物处理。但是仅仅通过厌氧处理后，污水的COD含量还会很高，所以需要进行后期的进一步处理。现在应该提高高效厌氧反应器的深入研究，来提高其性能。在制药废水的处理当中，应用较成功的有复合式厌氧反应器、上流式厌氧污泥床反应器、厌氧膨胀颗粒污泥床反应器等。
制药废水的特点是，其组成十分复杂、废水里所含的有机物种类十分多、浓度也很高、毒性也很重、色度不仅深而且含盐量也高。在制药废水中，由于生产不同的药物所需不同的原料，加工的工艺问题等，所以制药废水的组成十分复杂。在我国，制药废水是污染最严重、最难处理的工业废水之一。怎么去应对制药废水，已经成为我国环境保护的难题之一。然而，如果我们合理的通过运用物理法、化学法、生物法等制药废水处理技术，可以很好的解决这一问题。这样，不仅仅能让我国经济得到更好的发展，同时也能让环境恶化的问题得到缓解。