制药废水，很多都是经过了普通污水的处理流程，但在制药生产过程中采用了大量种类繁多、结构复杂的原、辅料，合成路线复杂，这些物料和产生的副产物随生产过程排入废水，使废水中含有大量有机污染物。这些成分都是很难处理的，这就需要通过化学法来进行处理，在化学法的工艺中，强化混凝法和高级氧化法是被常用到的。
混凝法：制药废水中，大部分的污染物都是胶体颗粒，混凝法通过向水中投加化学药剂改变胶体表面性质，使其发生吸附架桥、电性中和、压缩双电层以及网捕卷扫等作用，胶体表面失去电荷，稳定性被破坏，分散的颗粒相互接触后形成絮体在重力或浮力的作用发生沉降或上浮，从而达到分离目的，是一个包含物理、化学变化的复杂过程。
高级氧化法：高级氧化法，指的是在处理过程中，产生出具有很强活性的物质，通过这些物质的活性作用来使污水中的残留物质能更好地被降解。最好的效果就是直接生成水和二氧化碳。以此来实现无污染物的排放。高级氧化法的降解效果很好，很多学者对高级氧化法做了研究。在高级氧化法中，臭氧氧化法被使用的频率很高，臭氧能很好的降低污水中的残留物质。
还有一种被常用到的氧化法是电化学氧化法，这种方法是借助电极，通过电极的电场来对水中的污染物进行分解，使水中产生自由基氧化有机污染物分解的方法，其实质是电能与化学能之间的相互转化。该工艺同时兼具氧化还原、凝聚、气浮等功能，能量利用率高、反应条件温和、受季节气候影响少、设备操作简单且无二次污染。