微生物污染：基本上所有的原水中都含有微生物，即病毒、细菌、真菌、藻类、热源还有其他高等生物。这些微生物在进入反渗透膜过程中，以渗透膜为载体，借助反渗透浓水段浓缩的营养盐而繁殖生长，使产水量和脱盐率下降，并使产品水被污染，且使膜的寿命缩短。反渗透膜污染可能有3种可能原因，1)反渗透膜受到垂直的动力，会将细菌迁移到截流表面；2)反渗透系统有较大的膜表面积，增加了黏附细菌的机率；3)预处理过程中引进了微生物污染源或提供了微生物适宜的生长环境。防止反渗透膜微生物污染至今仍采取杀菌措施，没有确切的控制标准。常采用氯化及其他杀生药剂消毒如加氯、次氯酸钠或二氧化氯、异噻唑啉酮等；紫外线杀菌；还有臭氧的消毒和灭菌。在水处理过程中通过对反渗透膜进行预防定期消毒，定期采取加入杀菌剂冲击性杀菌，用高剂量亚硫酸氢钠给水处理和定期对污染膜杀菌的手段可有效防止微生物污染。

  膜污染问题对于反渗透水处理系统的运行和效益起着至关重要的作用，它抑制膜的性能，使生产效益大大降低，同时缩短膜的使用寿命。因此，了解膜污染来源和采取正确的措施防止膜污染在生产中显的很重要。